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这些天朱由检做的第一件大事，就是调查到底是何方势力的舰队冲入长江，救走了朱由崧和白莲教主等人，现在又身在何处。当然在明面上，周延儒及沿海各地官府都在调查，但这支舰队并未在任何地方靠岸，自然一无所获。
朱由检则是在暗中调查，主要由锦衣卫完成。其实按照朱由检的构想，锦衣卫的功能应该类似于前世的武警，是高于地方治安力量之上、负责国家内部安全保卫的武装力量，职权都是在明面上的。至于情报收集、特勤行动、反间谍等涉密事务，则应由刚刚秘密成立的大明情报部负责。
但情报部刚刚成立，人手还很紧缺，而且现在把全部精力都投入到了绝密的“一号行动”上去了，朱由检不想让他们分心。所以调查任务就落到了锦衣卫指挥使严振纲的头上。这项工作其实早就安排了下去，到朱由检移驾畅春园的时候，调查也基本上水落石出了。为防泄密，严振纲深夜进入畅春园汇报，第二天深夜才悄然离开。
锦衣卫在各地都有分驻机构，但调查方式与地方官府完全不同。地方官府无非就是派衙役在沿海村镇巡视一下，没发现舰队登陆，就上报了事。
锦衣卫则不然，他们派出了大量的便衣，在街头巷尾打探各种小道消息，尤其是在浙江、福建、广东、广西四地广撒人手。因为朱由检和严振纲都知道，规模如此之大、武器如此先进的一支武装舰队，不可能是凭空冒出来的，也不可能是散兵游勇、零星水匪。而在东亚地区拥有如此强悍实力的势力，实在屈指可数。
首先可以排除满清。满清八旗过去根本没有水军，孔有德、尚可喜、耿仲明等一干汉奸反出皮岛投降满清时，带走了一部分原属于明军的战舰，让皇太极如获至宝，就以这几艘战舰成立了“大清水师”。
但这个“水师”实在太过寒酸，最大的战舰不过四百料，舰体破旧不堪，虽有几门佛朗机炮，但弹药少得可怜，只要在海上碰到皮岛水师，肯定几炮就全军覆没。因此这个“大清水师”自成立之日起，就一直甘当缩头乌龟，停泊在辽河入海口内。而且冬季渤海处于封冻期，就算这几艘破船想出也出不来。
同理，也不可能是朝鲜水师。朝鲜水师虽然战舰比满清多，但大多是二百料以下的小船，而且刚被北海舰队和皮岛水师痛揍了一顿，借他个胆子，也不敢来长江撒野。
至于倭寇，起初朱由检是很疑心的。不同于前世，在这个时空里，本已销声匿迹的倭寇卷土重来，而且比嘉靖时期更为凶残，竟敢侵入渤海。他自己也亲眼见识过倭寇，这些日本鬼子战斗力强悍，心狠手辣，若不是戚美凤和李贞妍拼死相救，他早就命丧大海了。
不过认真分析了戚显宗和王在晋等人送来的战报后，朱由检也很快排除了是倭寇的可能性。因为这支舰队的船型以福船为主，配备横帆，主要以火炮攻击；而倭寇的船主要是千石船，只有一面大纵帆，武器也只有火绳枪和倭刀。而且据观察，船上的水手似乎来自天南海北，既有倭人，也有西洋人，但看着像中国人的最多。
如此一来，目标范围就缩小多了。西班牙、荷兰等西方国家的战舰，当然也有这个能力，但他们的战舰外观与福船区别很大，另外也不可能有中国人和日本人。那就只剩下一种可能：海盗！
而当前盘踞在东亚海洋上的海盗势力，最大的无疑是郑芝龙。郑芝龙虽然在名义上接受了朝廷的招安，还官拜福州总兵官、水师都督，但从不在福建登岸，只是借着这身官衣，更加明目张胆地进行走私贸易，碰到别的船只就抢，俨然是海上的土皇帝。
既然大海是郑芝龙的安身立命之所，他自然也对海战非常重视。朱由检在登州亲眼见过郑芝龙的旗舰“宝船”，竟然是八千料的庞然大物，就连西方国家的海军亦不可望其项背。除旗舰外，大小战舰亦多如牛毛，且均装备了横帆与火炮，在东亚海域算是非常先进了。因此别看郑芝龙的老巢魍港在台湾，而荷兰与西班牙均侵入了台湾，但他们也不敢与郑芝龙轻启战端，三方在海上维持着脆弱的平衡。
至于其他海盗，能有这种战舰规模的还有两家：李旦、林凤。李旦也是福建人，和郑芝龙是同乡，“出道”比郑芝龙还早，据说郑芝龙刚做海盗时，还认过李旦为干爹。李旦与日本倭寇勾结颇深，据说与德川幕府还有千丝万缕的联系。但郑芝龙崛起后，李旦的势力受到打压，加上本人年纪也大了，不得不暂避锋芒，主要在琉球一带活动。
而林凤则更为“传奇”，据说竟是一名年轻女子。她“子承父业”，接手了父亲的海盗势力以后，主要在吕宋岛附近活动，而且与西班牙人和郑芝龙都发生过冲突。
朱由检最怀疑的当然是郑芝龙。其他海盗，一是离长江口太远，二是没有动机。而郑芝龙对朝廷一直阳奉阴违，朱由检早就怀疑他有异心。
再说当年朱由检以秦王的身份迎娶戚美凤，天下轰动，郑芝龙自然也不可能不知道。他弟弟郑芝豹与戚美凤的婚事被“戚俭”搅黄了，郑芝龙就是再笨，现在也应该猜到“戚俭”就是当今天子朱由检了，岂能不惊惧？以此推断，郑芝龙很有可能会与白莲教勾结，救出朱由崧等人，彻底与朝廷决裂。
但毕竟郑芝龙现在还没有公开叛乱，朱由检就算怀疑他，也需要有充足的证据。明着调查肯定不行，那样即使郑芝龙没反也得被迫反了。所以他才要锦衣卫暗中调查，查实以后，再决定如何应对。
当一口气看完严振纲送来的密奏后，朱由检拍了拍滚烫的额头，苦笑着道：“怕什么来什么，郑芝龙这个王八蛋还真反了…”