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公元前208年，张良开始辅佐刘邦。
公元前201年，张良被册封为留侯。
公元前201~公元前84年间，因重大变故，神器殿中神器失散（与公元383年的分支1并不矛盾，因为该历史分支已经消失）。
公元前84年左右，何然利用崆峒印为氐人设下不老结界。
公元196年，天女青儿的四件乐器所化人形的老三笙儿（横艾），与年仅16岁的诸葛亮初逢。
公元205年，曹植与嫂嫂甄宓私通诞下二子，一子即为曹睿，另一子流落民间。
公元208年，赤壁之战，笙儿的大姐巫山仙子琴儿以自己百年寿命为周瑜借来东风，轩辕剑转世双生子——朝云与暮云的父亲皇甫疾死于赤壁之火。曹操处死华佗，《青囊经》亦落入曹操之手。
公元210年，周瑜为琴儿所感，放下功业与小乔，设计诈死，与琴儿同赴巫山。
公元218年，昊天塔转世为陆承轩，出生于建业。
公元219年，关羽北伐，朝云之母死于逃难途中。朝云与姐姐以及弟弟暮云失散。
公元222年，马良战死，马良之女马蕴（端蒙）流落于南蛮。
公元225年，华佗后人华妍收养马腾之孙马弃。
公元226年，曹睿即位，并着人私下寻回流落民间的兄长。
公元228年，诸葛亮第一次北伐失败后，马谡被斩，被马谡寻回的马蕴以及马谡幺子尚章遂成孤儿。赵云的白龙银枪掉落褒斜谷。
公元229年，赵云病故。诸葛亮第三次北伐，飞羽首次出击建功。
公元230年，孙权遣人至海上求仙，耶亚希自夷洲被带回吴国。
公元231年，诸葛亮发动第四次北伐，汉之云故事开始。飞羽执行各项特殊任务，包括袭击魏军后方诱战，掩护汉军上?割麦等。直至汉军粮资匮乏无功回师，飞羽于木门道负责断后并诱杀魏将张?。
公元232年，飞羽受任四下寻找关羽，张飞以及赵云昔日所用之武器。华妍与马弃前往曹操疑冢寻回《青囊经》。暮云失手将养父徐庶杀死，此后尊徐庶遗命保护诸葛亮。
公元233年，飞羽受任寻找续命之法所需之雪山玉参，归来途中救助孙权出使于公孙渊之使者，继又前往巫山寻回巫山瑶花。诸葛亮着手准备第五次北伐。端蒙刺杀诸葛亮未果，其后加入飞之部行动。
公元234年，飞羽前往洛阳刺杀曹睿（紫衣）未果。诸葛亮第五次北伐。飞羽设计，将司马懿困于葫芦谷；曹睿来救，但为朝云重伤。北伐依然无功，以续命之法复活的赵云为了汉国得以休养生息，决意令飞羽刺杀屡屡劳师动众的诸葛亮。观星台三上三博，最终诸葛亮亡故，朝云杀暮云后二人剑气合二为一。而曹睿重伤不治身亡，其胞兄取而代之。笙儿之妹磬儿（赤衣）为替爱侣曹睿报仇，来到观星台与飞羽众人展开殊死决战。最终，飞羽解体，朝云带着耶亚希以及她的族人回到夷洲，之后独身前往山海界；而笙儿则告知赵云行刺诸葛亮的幕后黑手正是诸葛亮本人。汉之云故事结束。
公元244年，续命之法效尽，赵云再度亡故。此后笙儿以伏羲琴之力消除众人对飞羽的记忆。
朝云以盘古斧之力进入山海界，以求解救天女青儿。在山海界中，他将身体交由暮云的意识控制，自身陷入沉睡。在他进入山海界的同时，也将无法控制自身力量而弑亲的陆承轩一同带入。此时山海界中东皇钟也已转世为夏柔。天女之灵无法继续维系封印，天女封印力量衰退，山海界天气异变。因资源匮乏，山海界进入战争状态。轩辕剑伍故事开始。皇甫暮云救出天女之魄，积极收集不灭之火意图以朱雀灵兽破除青龙灵兽的封印。陆承轩与夏柔相识，同去遗世之都接受继任青龙圣者的测试。夏柔被选中为第三任青龙圣者，寻找失散的二十八颗星曜石。天女之魄青魅占据青龙圣者身体，完成魄灵合体。
分支1：星曜石收集齐全。朱雀灵兽复活，天女完全苏醒。因皇甫暮云的牺牲，天女自愿被再度封印。
分支2：星曜石收集不齐全，一场恶战后青魅被消灭，而皇甫暮云和陆承轩同归于尽，恢复为神器原形（按《天之痕》古月说法推测，普通结局为真结局）。轩辕剑伍故事结束。此为我们所存在的历史。夏柔将轩辕剑送回轩辕界（人间），但因两界间时间流动速度不一，此时轩辕界已过百年，皇甫朝云与耶亚希灵体相会。
公元246年，费?掌权，销毁所有关于飞羽的资料。
公元363年，桓远之出生。
公元366年，慕容诗出生。
公元373年，太一神殿大门千年一次再度打开的日子，慕容诗再见桓远之的日子（此时间按照计算得来）。
公元383年，淝水之战。
分支1：秦国大败晋国，桓远之巧入云中界，遭遇疾鹏，得知了五岳阵和失却之阵，遂利用天书和尚在神器殿的上古神器布下失却之阵回到了春秋时代，意图改变历史。但是此段历史因为桓远之的关系，使得存在率完全消失，所以也就不存在，并不是我们所经历的历史。
分支2：由于桓远之成功的利用五岳阵成功的影响了生克。晋国大败秦国，慕容诗在水镜（留侯夫人）的帮助下，带着这个时代的轩辕剑（剑是慕容垂给予，因此推测，轩辕剑应该在之前就从水镜手中脱出），利用桓远之在云中界造成的时光裂痕，回到了春秋时代，也意图改变历史。由于成功添加上“秦克晋”的生克，加速了历史进程（造成七曜使者的原因），所以此段历史亦不存在。
分支3：由于桓远之成功在太一轮上添加了“晋克秦”的生克。晋国大败秦国，慕容诗在水镜的帮助下，带着这个时代的轩辕剑，利用桓远之在云中界造成的时光裂痕，回到了春秋时代，也意图改变历史，但是没能成功。与前世车芸记忆融合，回到属于她的时代，将一些受到战争殃及的百姓带入桃花源（云中界）。
公元589年，扬拓（宇文拓）出生。
公元599年，独孤宁珂出生。
公元600年，拓跋玉儿出生。独孤宁珂夭折，身体被妮可依附。
公元601年，陈靖仇出生。陈朝遗族在江南兴兵意图推翻隋朝，复兴大陈，但是遇到扬拓（宇文拓）以及所携轩辕剑，全军覆没。
公元602年，于小雪出生。
公元615年，8月，隋炀帝屠戮拓跋部落。10月，陈靖仇开始学习鬼谷道术，张烈回到北方重整拓跋部落。
公元616年，3月，宇文拓利用自身力量得知天之痕所在以及修补方法，北上涿郡取神农鼎，独孤宁珂提供代替虚空之阵的巴别之路，宇文拓开始修建通天塔。4月，独孤宁珂告密宇文拓私藏神农鼎。5月，陈辅带陈靖仇去伏魔山寻找昆仑镜，天之痕故事开始。陈辅和饕餮同困伏魔山洞，陈靖仇月河村初遇小雪，6月（猜测），黑山镇与玉儿相逢。7月，宇文拓开始命令属下执行万灵血计划，第一次万灵血雁门启动。拓跋玉儿混入龙舟行刺隋炀帝。在豆子坑遇到程咬金等人，东莱第二次万灵血，同时从独孤宁珂手中取回神农鼎。8月，得知公山铁逝世，出海寻仙。在历经氐人，黑龙王，玉儿毁容等剧情之后，终于救出陈辅，且从仙山岛回到中土。之后宇文拓积极活跃于整个游戏，万灵血全部完成，小雪背叛，玉儿惨死。同月，一切真相大白，独孤宁珂终于露出本来面目。
分支1：魔界降临。从古月圣口中隐约得知轩伍故事梗概。陈靖仇一行利用失却之阵回到过去的时间点，以便阻止魔界入侵。但是此历史中，已经无法改变魔界降临的事实，即使万灵血已经被毁，可以阻止进一步结界裂缝的增大，但是由于本属于此历史中的陈靖仇一行的离开，对于之后的事态发展，无法预计，且此历史已经不属于我们所处的历史了。
分支2：魔界降临历史中的陈靖仇一行来到本历史魔界尚未降临之前的时间，玉儿借由天女白玉轮阵法复活。最终九天结界的封印完成，众人成功的阻止了魔界入侵，然后陈靖仇不得已诛杀魔化陈辅，小雪也变回了女娲石原形（玉儿结局）。张烈看出李世民有弑父杀兄之相，古月圣答应若李世民施暴政，则让其染疾而亡。
分支3：内容同分支2，唯一的不同在于玉儿没有被复活，小雪则保持人类的形态（小雪结局）。
天之痕故事结束。
公元625年，唐朝建立。陈靖仇一行人成功修补九天结界后所回到人间的时间点。宇文拓带着炼妖壶和藏有独孤宁珂（妮可）灵魂的伏羲琴，去了西方。陈靖仇接管了轩辕剑。
公元626年，玄武门之变，李世民发动政变，杀死其兄李建成以及弟弟李元吉。后李渊立李世民为太子。
公元628年，陈靖仇和于小雪去终南山祭拜陈辅的衣冠冢，遇到投胎转世的拓跋玉儿（对应小雪结局，此结局为预设结局）。
公元628年至公元649年间，康那里士质疑永生的可能性，被逐出教会。他开始学习黑魔术，并对自己施以僵尸之法，四处咒杀可能对他不利的人。后遭围剿死去，但依旧能以尸体的形态活动。
公元649年，古月圣依诺，让李世民染疾而终。
公元725年，独孤宁珂的鬼魂净化完成（以公元625年为起点计算100年）。
公元729年，赛特出生。
公元741年，赛特开始为丕平三世担任谍报工作。
公元749年，赛特奉命寻找战争不败之术（王道），轩辕剑叁故事开始。在威尼斯遇到独孤宁珂转世的恶魔妮可，后又在地中海上妮可的故居移动岛结识大食女战士薇达。
公元750年，赛特到达中东地区，来到了肯迪之家学习占星术，之后大食内乱，与精灵卡玛和黑猫安卡相遇，并结识了从中国少林寺来的僧人慧彦。
公元751年，赛特来到巴格达，认识石国王子远恩与段秀实。之后挟持了远恩，一行人行经怛罗斯，慧彦为阻止大食入侵，在战场上阵亡。
分支1：塞特与麦尔斯联手，开始夺取中东以及欧洲的控制权。
分支2：塞特一行以及麦尔斯均因蜃楼王的关系进入了幻象历史中，后在轩辕剑仙的帮助下脱离幻象。最终塞特到达中国，住在翰林学士白连仪家，开始学习王道精神。
公元755年，赛特掌握安禄山谋反证据，通过密道闯入皇宫，在毁掉魔鬼的肉身（麦尔斯）之后，被撒旦所杀。
公元756年，安史之乱，唐朝陷入动荡时期。
分支1：接公元751年分支1而来，塞特与麦尔斯已经完全控制了中东与欧洲地区，其后两人联手进军攻打大唐。与幻象不同，并无慧彦前来阻止，后事不明。
分支2：赛特灵魂遇到李白，得返天山，在轩辕剑仙的帮助下复活，撒旦被封印。赛特携带轩辕剑以及安卡来到阿拉伯地区，陪伴由卡玛守护的薇达，轩辕剑叁故事结束。
公元766年，薇达身故，赛特回到欧洲，寻找妮可的转世，且协助查理曼大帝建立大业。
公元786年，赛特身故。其后，轩辕剑与炼妖壶一同则辗转回到中国。
公元855年，撒旦力量足够，脱离炼妖壶。其后炼妖壶由少渊峰墨门保管，轩辕剑则由梁错祖先保管。
宋代，墨门掌门之女朱媛沅误释九天，被其噬魂附体，辅子洵重伤。轩辕伏魔录故事开始。辅子洵被丁群父女所救。少渊峰墨门被九天所灭，辅子洵为报师仇和夺回炼妖壶开始追击九天。丁芸父亲丁群被杀。之后遇到江无双，左震河，裘千里等人。在仙狐谷，九天与七色祖父因交出内丹身故。仙狐谷外，遇到寻找仙狐内丹的冷仲秋。九天被追击，无奈释放炼妖壶中白虎修罗，投奔五将山修罗宫朱雀修罗，继而释放青龙修罗。洛水，辅子洵一行与梁错击退了敌人，但是轩辕剑仙被九天吸入炼妖壶，轩辕剑失去力量。经过重重困难，终于救回剑仙以及击败了四修罗。修罗宫，决战之后。七色将自己的内丹交给了冷仲秋，恢复原形与同样变回狐形的九天归隐。为辅子洵挡下致命一击的丁芸，借朱媛沅身体还魂。轩辕伏魔录故事结束。
公元1216年，于小雪重新变回人形，常在终南山下陈靖仇与拓跋玉儿幕前回忆往昔（对应玉儿结局，此结局为增补结局）