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2052年，人类科技水平飞速发展，人类加强了对遥远星空的探索。
但在不断探索的过程当中，人类遇到了比他们强大得多的文明，一群自称为塞壬的文明物种侵略了人类的母星。
塞壬文明通过一种名为心智魔方的科技产物，开始大肆制造一种名为舰娘的高科技武器。她们诞生于二战时期的军舰意志，但在塞壬手中，她们大多数却如同提线木偶般，没有任何的思考能力。
舰娘的出现，弥补了塞壬在数量上的劣势，使得原本就处境艰难的人类更是雪上加霜。
短短一周的时间，太平洋，大西洋，印度洋和北冰洋就相继失守。人类不得已开始将人口向内陆迁移。
2054年1月1日。本应欢度新春的人们无奈踏上了离家的道路。走向了那黑暗又未知的前路。
随着人类对塞壬文明的不断接触，人们发现这个文明中的生物无法离开海水太长时间。这也是为什么明明拥有着巨大的科技差，人类却还是没有灭亡。这也使得内陆成为了人类最后一块生存地区。
但内陆无疑也成为了人类最后的囚笼，海面上强大的干扰装置使得人类任何型号的导弹都无法做到定位打击，而三人科技强大的拦截系统，也使得饱和打击成了笑话
就在人类陷入绝望之时，人类中，新生儿也出现了巨大的变化，相比普通人类，他们的大脑发育更加完全且身体恢复机能非常强悍，这使得只要拥有足够的教育资源，便可以使他们迅速的成长起来。科学家们试图通过研究来控制这种变异，但他们却在这些新生儿的基因当中发现了与赛壬相似的成分。
就在人类对此感到恐慌之时。大批舰娘开始越过海面，冲向了人类最后的生存地区。
2065年6月23日。舰娘开始对人类最后的城市“黎明”发起了进攻。人类也明白了塞壬久久没有行动的原因就是在集结这只可以登上内陆的舰娘部队。
2065年7月12日。“黎明”外围城区开始被舰娘占领。人类开启了最后的能量护罩，龟缩在了内城区。
2065年8月3日。在人类高层的领导下，人类实行了“火种”计划。万余名新生儿被转移到了早已建造好的地下城区，并将其冷冻降低生命特征，以便躲过塞壬的检查装置。
2065年9月13日。“黎明”内城区防护罩被舰娘大军攻破，除了那万余名新生儿外，人类被屠戮殆尽。
但人类显然还是低估了塞壬的科技，地下城区最后还是在塞人的科技下被找了出来。而那万余名被全人类寄予希望的新生儿，也即将在塞壬的屠刀下化为满地的血肉。
但本应对赛壬言听计从的舰娘们并没有将这万余名新生儿杀掉，他们原本黯淡无光的眼中，在看到了这些新生儿后，似乎恢复了些许的理智。她们开始自发的保护起了这些新生儿。而这种情况也如同病毒一般，开始在舰娘之中蔓延，无奈塞壬只好切断了与内陆舰娘之间的联系。
失去了七成的舰娘再加上之前大量建造所消耗的物资使得塞壬十几年之内已经无力再向内陆扩张自己的势力。
而那些最多只有着十几岁的孩子们却开始指挥着舰娘向海洋发起了反攻。
2067年1月1日，人类成功收复了欧亚大陆，但人类也无法再向海洋前进半步，于是沿海地区便成为了人类与塞壬之间的缓冲区。
而人类也通过对舰娘的研究，研发出了属于自己的量产型战舰。在数十万舰娘以及无数量产型的战争储备之下，人类和塞壬之间形成了一种战略上的平衡。
在稳定了塞壬的危机之后，人们开始试图通过克隆技术来增加人类的群体，但无一例外，所有克隆出来的新生儿均无法存活一个小时以上。
人们不知道这是什么情况。但无疑，他们成为了最后的人类。但他们也并不担心人类因此灭绝，因为之前的研究已经表明，他们身体拥有着强大的自我修复能力，哪怕是细胞也不会衰老，换种说法就是他们可以说是永生的，再加上大量工作岗位可以被机器所取代，这也使得他们重新将重点放在了塞壬将来的反攻之上。