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绝大多数的官员都主张接受中华军的条件，让中华军进城。
毕竟眼前的事情己经明摆着了，中华军大军压境，以京都的力量，根本就无法阻挡中华军的进入，而徳川幕府还远在京都，远水不解近渴，人家现在是给自已面子，才派人进城，劝自己开城放中华军进城，如果自己还不知好歹，给脸不要脸的话，那么第二个应仁之乱，也不是不可能的事情。中华军在熊本城做的事情，天皇绍仁和众大臣们也都已经知道了。
另外京都并不是与世隔绝的地方，对徳川幕府与中国交恶的过程也知道得比较清楚，包括天皇绍仁在内，绝大部份人对徳川幕府的做法都十分不满，因为对于这个时候的曰本来说，中国依然还是一个庞然大物，无端的遭惹了这个强大的敌人，而且现在还危及到了京都，实在是让人感觉到十分恼火。既然中华军的目标是徳川幕府，那么天皇绍仁和众大臣们也没有必要为了徳川幕府，而硬是要和中华军顽抗到底。
而天皇绍仁对众大臣们的意见也并没有异议，天皇失去实权己有数百年的历史了，历代的天皇也都习惯了依附于一个又一个豪強势力，虽然也有少数天皇试图重新恢复天皇的权力，但也是心有余而力不足。
由其是在1615年，德川幕府公布《禁中并公家诸法度》十七条，详细地限制了天皇和公卿贵族的权力和行动。《法度》明确地规定，天皇应当以学问为第一，无须过问国事。凡宫廷官员的任命、天皇公卿的服饰冠带、天皇的出巡等等，均需征得德川幕府的同意，才能够施行。在《法度》中唯一保留天皇权力的条文，只有第八条：天皇有权按本朝先规决定自己年号。于是，无论是形式上还是实际上，皇室的权力完全被徳川幕府所剥夺。根本无法做出反应来。
现在的天皇绍仁正当少年，血气方刚，到也有些想摆脱幕府，重新夺回权力的想法，不仅自己重视武风、勤练剑术，而且对《伊势物语》、《源氏物语》等反映日本宫廷生活柔弱风格的古典文学十分排斥，毕竟大势己去。靠绍仁个人的努力，根本无法改变得了大局，何况绍仁本身也不是什么雄材大略的人物，也拿不出什么振兴皇室的俱体办法来。
不过中华军的到来却给绍仁带来了一线希望，由其是在商毅指责徳川幕府的罪行的时候，就有一条是上欺皇室，因此绍仁也生出了到是可以借助中华军的力量来推翻德川幕府，恢复天皇的权势的想法。当然绍仁也沒有天真到认为自已可以将中华军玩弄于掌股之间，但现在天皇己经失去了所有的权力，再不济也不过如此了，万一阴错阳差，从中借力使力，说不定还能混水摸鱼。
因此众人商议决定之后，绍仁立刻下令，打开城门，放中华军进京都城。同时命令京都的各守军地方都放下武器，不许低抗中华军。
但在中华军进入京都之后，京都城里的二条城里的守卫士兵却拒绝了天皇的命令，四门紧闭，吊桥拉起，一付严阵以待，如临大敌的样子。
二条城是京都城里的一个城中之城，始建于织田信长时代，是当时的将军足利义昭在京都的住所，后来几经毀复，在徳川家康统治了曰本之后，下令重修二条城，做为以后历代幕府将军在京都的行辕。后来经过了第三代将军德川家光的扩建，形成了一个东西约五百米、南北约四百米的庞大建筑，虽然规模还比不上京都皇宫，但装饰豪华，犹在皇宫之上。并且建有高达近六米的城墙，平时留有两千士兵驻守，同时也是监视控制皇室的一支力量。
虽然二条城的守军无法阻止天皇向中华军投降，但却可以拒不持行天皇的命令，打开二条城，也向中华军投降。
事实上中华军在京都正愁沒有一个立威的机会，来显示一下中华军的武犭，震慑日本的皇室大臣，现在二条城的幕府军队主动把这个机会给送上门来了，那能够不好的利用呢，因此成进一进京都，立刻下令，向二条城发动进攻，而且在开战之前，向全军下令，这一次的战斗不要俘虏，必须将二条城里的守军全部歼灭，也让其他人知道，与中华军做对的下场。同时成进也派人通告天皇绍仁，请他派出人员来军前观战，中华军是如何攻破二条城的，并且还送给绍仁一架望远镜，让绍仁可以在皇宫里看得清楚。
接到了成进的通告之后，绍仁到也不敢大意，其实他也正想亲眼看一看中华军的战斗力，于是立刻派出了五位大臣，到中华军的军前观战，而自己则登上了天守阁，临窗观看。因为皇宫和二条城都在京都城内，相隔得并不远，加上又有望远镜，因此也可以将战场的一切看得十分清楚。另外也有不少皇室官员对这一战相当关注，纷纷在家里，或者寺庙的高楼高塔上观战。
其实这是一场根本就沒有任何悬念的战斗，因为二条城在中华军眼里实在不算什么，这一仗实际更像是一场表演秀，中华军首先推出几十门火炮，对准二条城的城墙展开了一阵猛烈的狂轰，其中实心弹和开花弹各占一半，这场轰炸一共持续了三十多分钟，声势自然是惊天动地，连整个京都城几乎都在颤抖一样。
其实二条城的城墙并不固厚，用火炮完全就可以轰得开，但为了震慑住日本皇室和众官员，在轰炸之后，成进仍然还是进行了一次爆破。
结果巨大的火光冲天而起，巨大的轰鸣声音让整个京都城都听得清清楚楚，整个大地都发生了距烈的颤抖，令许多不明所以的人还以为是又发生了地震，而绍仁在守天阁上也十分清楚的感觉到了强烈的震感，顿实觉得站立不稳，一下子摔倒在窗户前。
幸好是待卫、宫女们纷纷赶来搀扶，但他们把绍仁扶起来的时候，仍然可以十分清晰的感觉到绍仁的身体在抖个不停，而脸色己是一片惨白。而绍仁也无心再看下去，只好摆了摆手，让侍卫宫女们将自己扶回寝宫休息。在当天晚上，还做了一个恶梦。
而在炸开了二条城的城墙之后，中华军杀入二条城中，并且完全惯彻了成进的命令，不抓俘虏，全歼敌军，结果战斗进行了三个多小时的时间，二条城里的二千守军被全部歼灭，只剩下二百多名付负维护二条城清洁的待从和待女。而中华军却是无一伤亡。
被绍仁派来观战的五名皇室官员更是看得胆战心惊，因为他们是近距离观察，同时也是看完了整个战斗过程，一方面震惊中华军使用的武器，而另一方面也是因为中华军下手狠，完全不留活口，全部杀死。其中不乏有扔下了武器，跪地求饶的幕府士兵，但都被中华军毫不留情的开枪打死，或者是用刺刀刺死。
当然这五位官员现在也都十分庆兴，幸好自己是选择了向中华军投降，否则现在遭受到这个结果的，就将会是自己了。别说是京都，恐怕就是整个曰本，也找不出能够与中华军相抗衡的军队来。
果然经过了二条城一战之后，中华军确实给京都的皇室官员，公卿国戚等人造成了极大的心理震憾力，还右一些对天耋决议不满，还想蠢蠢欲动的人，也都选择了暂时隐忍，静观其变。而绍仁在第二天也下诏对中华军表示了欢迎，并要求京都的官员，对中华军的一切要求都要全力满足，千万不要惹毛了中华军。
在中华军攻占了京都之后，成进又分别向东西进军，攻占了神户和大津，这样一来，以京都为核心的日本传统的京畿地区，也就全部在中华军的掌握之中了。
而就在这时，本来是付责在陆路佯攻的长州军也开始正式发力，变佯攻为实攻，在长州藩到京神阪地区之间，分布着福知山、丰冈、龙野、岗崎等十余个藩，但这些大名的封地郄在五万石以下，势力都并不大，因此也根本不是长州藩的对手，何况大阪、京都的相续失守，也极大的动摇了这些大名的信心，有不少大名都意识到了，徳川幕府这一次真得是把中国这条巨龙给惹恼了，而且随着中国出兵参与，恐怕德川幕府在日本的统治时间也维持不长了。因此自巳也应该重新迭择，如果在这个时候站错了队，可就是万劫不复了，熊本藩、福冈藩、小仓藩就是活生生的例子。
于是有一些大名选择了向长州藩投降，并且顺势加入到倒幕的阵营中来，而也有一些大名拉不下脸来向中华军投降，只好带领着家眷弃藩而逃，躲到了江户去躲避，并且向徳川幕府请求，出兵进攻大阪，夺回自已的藩地，因此就在中华军进驻京都的第四天，长州藩的大军的前部人马也到达了京都，与中华军顺利会师。
而这时日本的整个关西地区，已经都不属于徳川幕府的管辖范围了。