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当然在这段时间里，外交虽然在唱主角，但并不表示就沒有其他的事情，帝国的各种政务都还在有条不紊的进行着。毕竟帝国刚刚完成了国家统一，还有许多事情都要处理。
帝国的国会也正在紧张的筹建中，而内阁也在加紧组建陕西、甘肃、山西、河北以及东北等几个省的行政机构，拟定各级行政人员。
就在五月中旬的时候，驻守北京的成进向南京发回公文，称清廷的残余份子现在都巳云集在蒙古，正在联合蒙古六部，携手与帝国对抗，蒙古骑兵数次欲跃关进犯，但都被中华军击败。不过成进向统战部请令建议，组织一次对蒙古的远程，狠狠教训一下满蒙的势力。
原来在密云地区被中华军击败之后，硕塞与博洛、岳乐合兵退到长城以外，这时哲里木、昭乌达、卓索图三盟集合了两万大军，三人的败军约有五千余众，双方合兵共计有二万五千人马，驻军在热河一带。众人商议之后，认为现在中华军的实力强劲，而且势力正劲，不可力敌，因此决定再说服蒙古的另三盟，大家联合起来一起出兵，才可以与中华军相抗衡。
硕塞、博洛、岳乐三人也知道，与蒙古联合，自己手里也要有兵有地盘才行，清廷在蒙古设有六盟，另外还有两个受清廷直接管辖的地区，就是察合尔和归化城土默特，因此三人也决定，占领这两个地方，做为自已在蒙古的地盘基础。
哲里木、昭乌达、卓索图三盟也希望他们能够有一块自己的地盘立足，免得这几千人马都在自巳的盟旗里住着，还得供应吃喝好招待，也是一笔不小的开支，短时间还行，时间长了也供不起。因此也决定出兵帮他们占领察合尔和归化城土默特。
而这时在陕西战场上，瓦达克和勒克德浑也从榆林一带撤入伊克昭盟，虽然瓦达克和勒克徳浑并没有和中华军交战，是一路退进了蒙古，但手下的士兵并不想陪他们到蒙古去吃砂子，因此在退出长城之后，散了大半，剩下的己不足二万人，基本都是满汉八旗的余部，绿营汉兵基本都跑光了。而瓦达克和勒克德浑在蒙古也需要一块立足之地，于是同样也把目光放在察合尔和归化城土默特上。
结果双方为了争夺清廷最后一块土地，差一点打起来。当然争地还是其次,主要争的还是一个大名份。虽然清廷己经灭亡了，但要连合蒙古六盟，还是需要有一个大名份，也就是说，要重新建立清廷，再拥立一个新皇帝。那么谁来做这个皇帝呢？
瓦达克、勒克徳浑、硕塞、博洛、岳乐五个人都是清廷的宗室，虽然硕塞是皇太极的四子，看起来是最有资格接任皇位的，但硕塞由皇太极的侧妃所出，生母的身份低不说，在刚生下硕塞不久之后，还被皇太极赐给了大臣，因此硕塞的身份也十分尴尬。而瓦达克、勒克徳浑都是礼亲王代善的嫡糸子孙，当然不可能拥立硕塞为新皇帝，但瓦达克更不够资格来坐这个皇位，结果双方各不相当，只能用武力来解决了。
虽然说瓦达克和勒克徳浑的兵力占优，但支持他们佑只有伊克昭这一个盟，而硕塞、博洛、岳乐三人背后有三个盟，因此也是势均力敌。于是双方都积极的拉陇另二个盟乌兰察布盟和锡林郭勒盟。
不过这两个盟并不表态支持谁，而是居中调停。劝双方以和为贵，有事好商好量，毕竟还有大敌在侧，先自相残杀，这怎么也是说不过去命。这几个人到也都不是糊涂人，也知道现不是打大出手的时候，最终还是达成了协议，归化城土默特归瓦达克、勒克徳浑；察合尔归硕塞、博洛、岳乐，大家平分，至于以后谁能继承清廷，那就看各人的本事了。
就这样总算是没有闹出内哄来，双方也都有一块根据地，内部矛盾缓和了之后，于是也都地矛头对准帝国。
当然帝国不会害怕蒙古，不过这个消息也把另一件重要的大事摆在了眼前，帝国的首都定在那里。虽然在收复南京之后，商毅就把自己的行政中心从杭州迁到了南京，算起来也差不多有四五年的时间了，现在南京不仅又恢复了惜日的繁华，还更胜从前。而且透露出一种兴兴向上的气氛。因此有不少人都认为，帝国应该把南京做为首都，正式确定下来，
因为帝国建立之动，就是以大力发展工商业、全面开通海外贸易，开海通国为基本国策，而商毅又主张走向海洋，全面参与全球的大航海贸易。而无论是工商业还是航海业，南方都要比北方发达，因此将帝国的首都定在南京，当然也方便执行这些基本国策。北京并非不重要，但与南京相比还是要差一些，可以校仿明朝的两京制度，以南京为首都，北京为陪都。
而另一批官员则正好相反，因为从元代以来，北京就是中国的首都，前后长达近四百年，其间只有朱元璋短暂的在南京建过都，因此中国的重心其实是在北方而不是南方，另外现在全国虽然己经统一了，但还有蒙古、青海、新疆等地都没有收回来，都有可能危胁到帝国的边境，而这些地方基本都集中在北方，相对来说，南方面临的外部危胁并不大，如果以北京为都，对些地方的控制和管理要便利一些。因此还是仍然应该以北京为首都，南京为陪都较好。
这两种意见确实都有道理，而且定都也确实是一件大事，无论是定在南京还是北京，都应该尽快确定下来。当然从人数上来说，主张定都南京的，肯定要大于定都北京。毕竟帝国在南京己经住了四五年，而且绝大多数官员都是南方人，因此当然都不希望到北京去。
不过在商毅心里，早就己经有了定论，首都还是应该在北京，南京仍然应该作为陪都。因为发展工商业、海外贸易这些事件，并不需要政府时时刻刻盯着，只要制定好相应的制度，依律而行，尊照经规率来运行就可以了，政府最多只是监督一下。相反如果政府对经济管得太多了，并不一定就是好事。
而且商毅也淸楚，现在帝国真正面临的危胁仍然是在北方，至少在两百年內，中国在南方的沿海地区都不会遇到太大的危胁，而在北方有蒙古、青海、新疆包括东北外兴安岭、库页岛等这些地方要并入帝国的版图，因此定都在北京，确实有利于帝国能够更好的控制这些地区。
另外在更北的地方，还蹲着一头凶狠的北极熊，这头熊现在已经开始将利爪伸向了中国，在另一时空里，在不到四十年的时间里，中国就将和这头大熊进行一次正面的较量，而从此以后在长达三百余年的时间里，尽管中国和这头大熊有过一段短暂的蜜月期，但在绝大多数时间里，这头大熊始终都是中国最大的危胁。这些一来，定都北京，也确实有利于帝国看住这头北极熊。如果让商毅来和俄国谈［尼布楚条约］，是绝不会让出贝加尔湖以东，外兴安岭，尼布楚及东西伯利亚这大片的领土。
这些是外部因素，而从中国內部来说，中国的北方地区相对经济不发达，工商业基础差，思想也保守落后，因此也难以接受新的事物，社会改造的困难也要大一些。如果将首都设在北京，也有利于促进北方的社会生产改变。
于是商毅也招集内阁成员，将自己的考虑意见告诉给他们。
几位内阁成员中，基本都建南方人，不过在讨论国事上还是会顾全大局,因为商毅所说的几点意见都有道理,由其是北方的俄罗斯,也从欧州各国的使团那里得知,这确实是一个庞然大国,想一想从中国到欧州海路要走上九十个月,而俄罗斯竞然可以直接更恒在两地之间，也可见是何等庞大。由其是欧州各囯使臣都异口同声，称俄国人素来逞强好斗、凶残成性绝非善类。商毅把应付俄国的危胁也计算在其中，也算是有先见之明了。
因此等商毅说完之后，王夫之才道：“皇上见识卓著，诚为我等所不及，只是迁都之事，辗转数千里，伤筋动骨，劳民耗财，又事关社稷安急，国本安宁，利害重大，因此不可轻易实行，而且现在北京刚刚收复，地方未宁，人心未安，也不可急于一时。”
李岩也道：“王首辅所言极是，虽然迁都北京，利多而憋少，但现在我中华新立，国本不固，人心不定，四境不安，因此确实不可轻易行迁都之举。”
商毅点了点头，笑道：“两卿所言，果然都是老诚持重，端持为国之语，朕也以为，只可先定都北京，而迁都之举，在五年以内，不可行施行，等五年之后，再视那时的情况而定。”
王夫之和李岩听了，也齐声道：“皇上圣明。”
商毅又道：“不过朕打算在八九月间巡视北京，各位以为如何。”