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虽然商毅也想通了，先打谁后打谁都差不多，但也这并不是说马上就做出决定，总是还要比较一下，先选择一个容易的动手，不过商毅也给自己定出了一个时间，在十二月十五日之前，一定要做出最终的决定。
不过首先被商毅排除掉的，是对南北两线同时用兵。
尽管以现在中华军的兵力来说，确实已经可以支持双线作战了，但战争从来都不仅仅是兵力的多少的事情，还有后勤保障，物资供应,这些又涉及到征调民役。而双线作战的人力物力消耗,由其是在完全不在一方向上的两个战场上作战,要比在单一的战场大得多。因为这就需要设立两个后勤供应中心，什么都必须是双份供应。假设说在南北两条战线上分别投入十万兵力作战，那么所需用后勤保障的人力物力，要远远超过只在一条战线上投入二十万兵力作战的需求量。因此任何形式的双线作战，都不是上策，要尽力避免。
虽然说以目前南京政府的实力，还是供得起这样的消耗，但在现在大局己定，胜券在握的时候，也没有必要选择这种消耗过大的双线作战。而且经过了中原大战之后，南京政府为战争储备的物资也己经消耗了大半，白银的库存到是还足够，但物资己经不那么充裕了，如果再要进行大规模的战争，要么加征税收，要么大量发行货币，引发通货膨胀，才能保证战事的供应，而同时还需要征调大量民役来保证后勤运输供。因此最理想的做法还是控制战争的规模，南北二线一线主攻，一线主守，这样一边打仗，还可以一边慢慢积累国力。
因此商毅也排除掉其他的因素，仅从纯军事角度考虑，南北二线进行对比，首先是现在清廷己经元气大伤，在短时间内没有力量再向中华军发动进攻了，而全面恢复到战前的国力，估计需要二十年左右的时间。而南明各朝这几年都没有发生战事，还都保持着相当的实力，有能力发动战争的能力。
其次从心理上来说，这时清廷的大臣和武将，对中华军己经产生了极大的恐惧心理，就算国力有所恢复，也未必敢轻易向南京政府发动战争，就算朝廷下令，前线的军队也会再三考虑；而南明各朝因为和中华军交战较少，而且南明的皇帝和执政大臣又多以正统自居，这种顾虑也少得多，因此如果中华军向北用兵，南明肯定会在背后捣乱，而相反如果中华军举兵向南，清廷出兵的机率就小得多了。
再次是现在商毅政权的重心还是在南方，因此向南用兵，战线也要比向北短得多，可以直接以南京为后勤基地，另外南方的福建，广东、广西均是沿海地区，可以发挥中华军的海军优势和海路运输能力，因此从消耗上说，向南也比向北要小。
最后一点是中原地区久经战乱，现在己经十分荒废，现在刚刚收复，急需要招抚居民，恢复生产，如果继续对北方用兵，中原地区也一定会受到影响，因为所有的军队，物资、用度的调配都要从河南省通过，必然需要从河南省抽调人力物力，甴其是开年之后，马上就要开始春耕，如果在这时进攻北京，也会对中原地区春耕造成一定的影响。那么恢复重建工作就还要推后。
基于这几点因素的考虑，商毅也逐渐倾向于先平定南方，然后再向北用兵。
而就在这时，又发生了二件事情，也促使商毅的想法最终被确定下来。
一个是清廷向南京派出使者，正式向南京政府提出了议和的请求。
原来在福临和几名亲信大臣商议决定，以割让土地和称臣为条件，与南京政府议和，并委任济尔哈朗付责拟定议和的详细条件，济尔哈朗和洪承畴、范文程等人进行了详细的协商之后，决定可以向南京政府割让陕西省的西安、凤翔、汉中、巩昌、泯州、洮州六府，或是山西省的平阳、汾州、辽州、泌州、潞安州、泽州六府。如果势不可解，甚致可以将陕西全省都割让也南京。
因为现在的淸廷对陕西的控制力度很差，几乎是孤悬于西北，而且陕西在明末的时候就经受十几年的战乱，社会生产几乎全被破坏，而清廷入关之后，虽然也在陕西搞过屯田开荒，招抚流民，但又因年年征战，这些工作大部份都流于表面，加上年初的时候，陕西也爆发了反清的起义反正，本来稍有一点起色的恢复重建，又被破坏了大半，因此现在陕西的情况和明末相比，也不过是五十步笑百步。
这样一来与其还强留着陕西，还不如把这个包袱甩给商毅去背，如果商毅接手了陕西，也要花费大量的人力物力去恢复重建，一但弄得不好，还容易激起民变，要是再闹出一次流寇作乱，也够商毅受的，致少拖住他二三年的时间，是完全有可能的。
而在称臣的条件上，确实让济尔哈朗等人花了一番脑筋，最后做出的决议是清廷可以对南京取消国号，称商毅为南国之主，而清廷自称北国之主，两国之主可以兄弟相称，商毅称兄，福临称弟。
因为现在商毅只是称王，而并没有称帝，因此双方以南北之主互相称呼，对商毅来说，这等于是变相承认他是南方的皇帝，也算是提高了他的尊号，而虽然清廷不能自称为帝，但在尊号上和南京还是保持平等，也算保住了面子。而缔结兄弟，因为商毅的年龄比福临大，可以称兄，在说法上当然好听一些，而福临只是因为年龄小，才以弟自称，这样也说得过去。
也可以说，弄出这些条件来，济尔哈朗和洪承畴、范文程也确实是煞费了一番苦心，把汉语中的文字游戏玩得出神入化，当然从割让土地上来说，也确实是做出了相当的让步，现在清廷在关外一共也就只剩下河北、山西、陕西这三个省，而且其中以陕西的面积最大，这一下就割去了近四成的土地，不管出于什么样的目地，但付出的代价也绝不算少了。
福临对这些条件也比较满，至少是保住了山西和京师，再加上关外和蒙古，如果清廷再好好休养几年，也未必不能再和南京争一争。而且在称臣上也不算，其实也并不是让福临真向南京称臣，而是和商毅称兄弟，谁让福临的年纪小吧？
因此福临也立刻下旨，命济尔哈朗派人与南京联络，试探南京的态度。
第二个是台湾的沈寿崇向南京发来的报告。原来南京与荷兰绝交之后，商毅下令驱逐了荷兰商馆，同时也下令驻守台湾的沈寿崇，命他驱逐台湾的荷兰人。沈寿崇接令之后，立刻向台湾的荷兰人下达了通告，要求荷兰人撤出台湾，而这个要求也理所当然的被荷兰人拒绝。而沈寿崇也随即下令出兵。
这时中华军在台湾有一个旅的正式驻军，是隶属于南京军区管辖，另外大约还有一万多的民兵部队，旅长是沈寿崇的弟弟沈寿峣，不过只有一个团配备了火枪，另一个团还是用冷兵器。但这时荷兰人在台湾的总兵力只有八百多人，加上当地土著组成的军队，也不超过一千五百人，而且土著也沒有火枪，因此双方的兵力悬殊极大。
另外这时的台湾己有大陆的汉族移民近三十万，本土的归化土著六万余人，归化的曰本人也有三万多，还有被劳动改造的俘虏三万余人，总人口数超过了四十万，而归化荷兰的土著只有一万多人，因此双方的后援力量相差更大。结果双方交战，荷兰人被杀得大败，在台湾占领的土区也都纷纷被中华军占领，归化荷兰的土著不是投降，就是被中华军灭族。最后荷兰人的残余力量都退进了赤嵌城和热庶拦城这两座城里驻守待援。
赤嵌城和热庶拦城是荷兰人在台湾修建的两座要欧州塞式的城堡，当时本是打算防备西班牙人的进攻，就可西班牙在吕宋修建马尼拉城是一个道理，因此这两座城都修得十分坚固，而台湾的中华军缺少重型火炮，一时也难以攻破这两座城。
而这时中华军正在进行中原大战，当然不可能给台湾分拨兵力和武器，于是，沈寿崇也只好下令，将赤嵌城和热庶拦城团团围困，想困得荷兰人弹尽粮绝，不得不献城投降。到现在己将两城困了一个半月了，但就在这时，沈寿崇听闻一些吕宋的商人说，荷兰的巴达维亚当局己经收到了消息，准备向台湾派遣援军。于是沈寿崇和兄弟一商议，认为台湾的中华军缺少火器，难以攻破两城，而正好现在中原大战己经结束，中华军大获全胜，于是两人立刻联名向南京发来报告，希望南京能够支援台湾的战斗，就算不能派兵来，如果兔拨来二十门重型火炮也可以。
收到了这两份消息之后，商毅也立刻下令，招集内阁和统战部的主要成员，首先开会讨论与清廷议和的问题。因为是否与清廷议和，既是南京政府的內政问题，但同时也是军事问题，因此招集双方同动开会讨论。毕竟在许多时候军政都是紧密相连，不可能分开的。