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其实攻占马尼拉城，击败西班牙殖民者并不难，主要是商毅打箅在马尼拉长期占领，把马尼拉成为中国的殖民地，因此在占领马尼拉之后，善好的事情也是千头万绪，十分复杂，这也是商毅坚持要自己带兵出征的一个重要原因，成钢和黄震在这方面还嫩了一点。
商毅首先宣布，菲律宾这个名字正式取消，以后全部都以“吕宋”为这一地区的称名，菲律宾群岛也改名为吕宋群岛。而圣地亚哥堡，改名为镇南堡。不过其他各岛屿的名称和马尼拉城的名字保持不变。虽然说名字只是一个代号，但仍然十分重要，菲律宾全面改名为吕宋，也标志着这一片岛屿的主权正式发生了变更。
当然名称的改变只是一种像征意义，吕宋地区的最大作用，还是在于作为欧州和美州地区通向中国的一个贸易中转站，尽管它距离中国大陆的路程只有十五到二十天的距离，但依然是一个重要的商品集散地和中途的补济点。用后世的话来说，是一个物流集散中心。
商毅占领马尼拉，不仅仅是看重了吕宋地区的地理优势，同样还有吕宋地区的自然资源，吕宋地的铜矿十分丰富，也有相当的铁矿和金矿储量，这些都是前商毅正需要的金属矿产。另外吕宋群岛属于亚热带地区，不仅森林资源丰富，盛产水稻、玉米，而且还可以种植多种热带作物。
西班牙殖民者在马尼拉经营了八十余年，虽然是殖民统治，但也确实给吕宋地区带来了先进的技术，并且进行了一定的开发，开避了许多农业种植水稻、玉米、甘蔗等作物，由其是在吕宋引入了甘蔗种植，这是榨食糖的重要原料，而食糖在这个时代，也是一项重要的商品。当然这也有相当一部份功劳是华人的辛勤劳动。因此无论是从长远还是短期，吕宋地区都将会给自己带来巨大的财富。
首先是尽快稳定马尼拉的生活秩序，让其他华人尽快定居下来，各自开始各自的生管，而这一点在攻下马尼拉城之前，张庚秋等人就己经开始在做了。
其次是恢复与各地的正常贸易来往。因为在目前来说，马尼拉最主要的收入还是来往商船的关税，和商品流通带来的财富。历史上每一次马尼拉华人大屠杀之后，都会给马尼拉带来一次经济衰退，然后再慢慢的恢复，因为马尼拉的贸易活动，主要是依靠中国的商皓。而这一次大屠杀实际并未完全进行，而且中华军占领马尼拉之后，中国的商船仍然继续来到马尼拉，而只要中国商船来，那么其他各囯的商船也都会随之而来，因此对马尼拉的贸易影响并不大。
当然现在马尼拉的贸易来往,是由中国人来主导了，因此商毅也委任张庚秋，从当地华人中选出十几名较有声望和影响力的人，付责管理马尼拉与其他各国的贸易来往，收取关税等等，同时也告之各国，现在吕宋地区己经由中国的南京政府接管了。
马尼拉的内政只是一方面，另外还有对外的战争并未完全结束，现在中华军控制的只有吕宋岛，而在呂宋群岛的其他诸岛，中华军还没有真正来得及染指，而且就是在吕宋岛，中华军实际能够控制的，也只是马尼拉城和周边的地区，其实只占了吕宋岛的极小一倍份。在中华军控制以外的地区，还散布着大量的传教士，而吕宋岛上的各土著部族，还没有向中华军正式臣服。另外还有从马尼拉城逃跑的大主教，也还下落不明，这也是一个极大的隐患，必需清除掉。
因此商毅也命人四处打听，大主教弗朗西斯科的下落。同时也派出部队，去接收西班牙殖民者在马尼拉地区开避经营的各工厂、农场、庄园等资产，首先进行清点查封，登记造册，准备进行拍卖。并且派人回国通告国內的各大商家，有兴趣的人都可以来马尼拉来，拍实大会将在二个月后进行。
三天之后，马尼拉地区的生活秩序基本恢复，八成以上的华人也都定居下来，还有少数店铺也都开张营业，而且马尼拉地区的工厂、农场、庄园等等也基本被中华军清点査封，一共有四十三处。
而这时在棉兰老岛的天主教耶稣会的马尼拉教区的付责人，奥利维拉主教带着几名传教士，在郭纳爵和阳玛诺的陪同下，来到吕宋岛，参见商毅。
在中华军当到马尼拉的时候，奥利维拉听从了中国的传教士的劝告，对这场战争暂时保持中立，因此对大主教弗朗西斯科的号招釆用拖挻战术，不过耶稣会右马尼拉大教区的势力并不大，而且传教的地方也十分偏远，弗朗西斯科也并没有对他们抱以多大的希望。不过奥利维拉对中华军并不看好。
郭纳爵和阳玛诺第二次来到棉兰老岛的时候，中华军还沒有攻下马尼拉城，不过奥利维拉得知中华军己经登陆马尼拉，并攻占了圣地亚哥堡之后，也对中华军在马尼拉的前景发生了改变，认为有必要亲自到吕宋岛来，观测一下形势。那知等他到达吕宋岛之后，才知道马尼拉城己经改旗易帜，成为中华军所有。
虽然奥利维拉也惊亥中华军的战斗力，这么快就拿下了马尼拉城，但同时也不禁暗自庆幸，好在是自己极时来到吕宋岛，才能够抓住这个大好时机，因此也在阿科尼亚的引见下，和商毅见面。当然也顺着阿科尼亚的口气，表示马尼拉教区的耶稣会将服从并支持中华军在吕宋群岛的统治地位，并且将劝说耶稣会传教区內的土著部落，也服从中华军的命令。
得到了耶稣会的正式表态之后，商毅也十分高兴，也马上给了奥利维拉丰厚的回服，将奥古斯丁大教堂赠送给耶稣会做为总部，并且允许耶稣会在吕宋群岛的全境内传教，而且禁止奥古斯丁会、方济各会、多明我会在吕宋群岛地区内传教。
奥利维拉自然是欣喜若狂，因为在马尼拉大教区传教的四个教会中，只有耶稣会地位最低，条件最好的吕宋岛根本没他们的份，只能窝在鸟不拉屎的棉兰老岛传教，因此能够在吕宋岛占得一席之地，就是耶稣会的最大奢望了，却没想到一下就可以独占马尼拉大教区了，这可远远超出了他们的预期，不亚于天上掉馅饼下来。而且这么一来，奧利维拉就等于是马尼拉大主教了。与奥利维拉同来的几名传教士也都激动得落泪了。
不过在过去的马尼拉大教区，传教士的经费都是由菲律宾总督府提供，收入可以说是相当丰厚，马尼拉大主教年薪是四千一百二十五比索，主教年薪一千八百三十八比索，而一般的传教士每年的所得也有一百比索。
而一百比索在马尼拉地区的购买力，相当于九十石大米左古。在中国目前粮价最低的地方，就是商毅的统治区，一石大米的价格也在一两五钱白银左右，由这个比价也可以看出，就是一个普通传教士的月收入，大约在十二两白银左右，既使是扣除因为中国是在特殊时期,粮价偏高的因素,在普通民众中间，也算是一份相当高的收入了。而且这还不算教会其他的收入。
当然商毅不可能给传教士们这么高的收入，毕竞在中国传教士是没有任何国家补助的，全靠教徒的捐助，但考虑到吕宋地区的特殊性，商毅还是同意给传教士们一定的补助，但俱体补助数量，还要进行协商。但就是这样，奥利维拉也觉得十分满意了，因为传教区扩大之后，教徒也会增多，收入来源自然也可以保证，而且耶稣会在天主教中算是一个比较清贫的修会，一向穷惯了，对物质条件的要求并不高。
随后商毅也向奧利维拉提出三个要求：一是尽快把耶稣会的总部迁到马尼拉来，劝说当地土著投降，并且帮助中华军稳定吕宋岛的局面；二是尽力劝说棉兰老岛、萨马、莱特和宿务等岛屿的土著向中华军投诚，这也是对其他诸岛上的土著作出一个表率作用；三是向罗马教廷反映，在这次吕宋岛的华人大屠杀事件中，奥古斯丁会，以及大主教弗朗西斯所犯下的罪行。
奥利维拉当然是满口答应下来，反正是死道友不死贫道就行了，这些事情对自己也没有损失，当然其他教会的损失，也就被他们无视掉了。因此奥利维拉也立刻分派自己带来的几名传教士，分头去办理这些事情,而他本人则住进奥古斯丁大教堂,同时心里也开始考虑,应该给这座大教堂换个什么名字才好呢。
而就在这时,从马尼拉城逃走的大主教弗朗西斯科,终于有了消息。