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其实称王的仪式也并不仅仅只是一个形式，还要分封各级官员，以及商毅的众妻妾们也都要得到正式策封，正式成立后宫。
尽管这一次只是称王，而不是称帝，但现在商毅集团巳经不在是一个临时的地方割据势力，是成为一个真正的国家政权机构。也需要一套与之相配的行政管理制度和规则，正式的官职品级，以及军队的建制，当然也包括商毅后宫的等级制度。那怕只是暂时性的。这才是称王的主要目地。因此这也是对目前商毅集团内部的一次全面的安排整合和权力分配。
另外商毅起事差不多有五年的时间了，现在虽然还不算是完全功成名就，统一天下，但也可以说是坐镇一方建朝立业的独立势力，而有不少一开始就跟随商毅的部下，在这些年来,也都立下了不少功绩，无论是文臣还是武将,都应该对他们有所安排，进行一次阶段性的封赏奖励,这也是居上位者必须做的工作。
同时随着实力的扩大，在商毅集团内部，也形成了几个派糸，从地域可以分为山东糸和浙江系两支；从家族上可以分为周氏和林氏二派，再加上其他的小派系，也比较复杂。但正是有人的地方就有江湖，一个集团扩大，內部再形成新的派糸，在任何时候，任何地方，都是不可避免的事实。
当然在目前来说，商毅集团内部的各方势力还十分团结，并没形成争权夺利的局面，一方面是有商毅在上面压制，另一方面也是目前还处于“革命尚未成功，同志仍需努力”的阶段，因此众人都还能够做到齐心协力,互相帮助。但也不能因此马虎大意，由其是称王之后的分封，不仅要做倒对毎一个人都论功行赏，还要平衡各方面的利益，不说让所有人都满意，但也必须让绝大多数人都心悦成服，这也确实让商毅也废了好一番脑筋。
在加冕仪式结束之后，首先是对后宫进行分封，王爵的后宫制度没有皇帝那么复杂，大体只有正妃、侧妃、偏妃三种，甚致还会有妾室。当然如果商毅原意，也完全可以按照皇帝的标准，弄出什么三宫六院七十二妃来，不过现在商毅还不打算广收妻妾，只是立叶瑶瑱为靖北王正妃，林凤舞为侧妃，陈圆圆和明石姬都为偏妃。但同时商毅也正式规定，自已不在南京期间，正王妃将有代理行政决策的权力。
因为现在算是商毅正式妻妾的，只有这四个人。虽然亚莉桑徳拉和朱媺娖的婚礼都在筹备当中，但毕竟没有正式举行，因此这一次也都不在分封之列。
后宫的分封，也是最简单的一项，并没有太多争异。因为在商毅的妻妾当中，除了林凤舞之外，其他人其本都没有多少娘家势力，叶瑶瑱本来就是商毅的正妻，立为正妃也是理所当然，而且在过去几年里，商毅领军出战，都是由叶瑶瑱代理政务，这一点也己经得到了众官员的认可。
林凤舞是以平妻的身份嫁给商毅，她也是商毅的妻妾当中，唯一一个有娘家背景的，而且林凤舞本身也极居理财能力，和海外阅历，同时林家也是商毅的一个重要的支助力量，因此被立为侧妃也是顺理成章，而陈圆圆和明石姬本是妾室，被立为偏妃。
随后才是重头戏，因为中国发展到现在，文官制度己经非常完善了，没必要做大修改。因此在文官的品级和官职名称上，商毅也并不准备另搞一套，基本还是沿用明朝的旧制，官员的品级分从正九品，而各级以内又分初授、升授、加授等二三个级；而中央设内阁、分六部九寺等等。
首先商毅下令，将行政部正式改为内阁，由周世奇出首辅，王夫之、李岩、李格非三人都入阁理事。周世奇兼任吏部尚书、户部尚书；王夫之兼任礼部尚书、工部尚书；李岩兼任兵部尚书，统战部部长。
周世奇，王夫之、李岩三人成为商毅的内阁成员，并不奇怪，因为这三个人很早就付责整个行政部的工作，只有李格非是被格提拔起来的。而且在此之前，李格非付责的是商业运行，对外贸易来往，以及对外事务等工作，在中国传统的政治格局中，这些都不是主流的事务。
但李格非的身份是林之洋的盟兄弟，也算是林家的一份子，而林家也是商毅手下的一大团体，在另一大团体周家已经出任內阁首辅的情况下，林家在内阁中理当占有一席之地。而且南京政府和过去的其他朝廷不同，十分重视商业营运和对外贸易，这两块的收入占总财政收入的七成左右，因此过去李格非的工作，实际也是相当重要的。这次进入内阁，也表示商毅坚持发展商业，对外贸易，以及走向海外的态度。
由內阁成员兼任六部尚书，也是明朝常的惯例，以前商毅在行政部下，设立了十一个司，实际是将六部的职能和权利分散，因为商毅的政府和过去的历代朝廷所走的道路并不一样，还按照原先的六部划份，显然是己经不能满足管理的需要，必须分得更为细致，因此这十一司实际取代了过去六部的位置,同时还会增设一些新部门。
而內阁成员兼任六部尚书之后，实际是不能参与六部的实际公务外理，只是分管各部工作，吏部下，新设组织部和人事档案部、户部分管财政部、审计部；礼部分管教育部，宣传部、工部分管工业部、农田部、工建部；而李格非分管商务部、对外贸易交流部。而兵部现在仅仅只是一个虚壳，所有与战事有关的事务，都由统战部处理，保留这个名称实际只是为了凑齐六部，因此李岩同时还兼任统战部的部长。
不过统战部的俱体工作其实是由商毅在处理，而且在现阶段，统战部仍然是最高机构，就连內阁也必须服从统战部的决议。但李岩并不属于山东、浙江这两大集团之中，因此权力分配大体仍然保持着一个平衡状态。
唯一一个没有被兼任的六部职位就是刑部，由仲栽司主事为王仲平出任刑部尚书，而且刑部不在内阁的管辖范围以内，而是直接对商毅付责。因为商毅是来自现代社会的人，三权分立的概念己经深入其心，现在的南京政府还不可能成立议会，但这也是将司法部门从行政部门独立出来，司法权和行政权分立的格局，并为以后真正实行三权分立所做的准备。
刑部以下,设仲裁院和督察院两个机构，其中仲裁院是付责处民间事务，而督察院是处理各级官员的违法事务，但目前来说，督察院只有审判权，并没抓捕权和审询权，目前这两项权利都由由安全处、情报处来付责，督察院主要还是刑部只是走最后一道审判程序。刑部目前的主要功能，还是针对民间事务，权力并不大。毕竞现在还是战争时期，并不是真正搞国家建设的时候。因此尽管刑部尚书王仲平是属于山东糸的，但也不会对权力划纷造成多大的影响力。
这样一来，而属于直接对商毅付责，除了刑部之外，还有文书司，安全处、情报处，现在也都升级成部。各部的部长依然由原来的长官出任。这样一来，南京政府实际有十八个部门，分属内阁管理的有十二个，直接对商毅付责的有六个。
中央机构的组成等级就这样确定下来，而地方机构基本还是保持原样，按省、市、县、乡镇四级不变。其实也就是对应巡抚、知府、知州、知县等官职。而各官员的品级，还是沿用明朝旧制。同时各级官员的奉禄以及补贴也都在以前的标准上，又增加一成左右。
明朝的官员奉禄是中国历代最低的，如果尽靠奉禄，一般的官员根本养活不了自己，因为商毅集团的财政状况一向很好，因此政府官员和官兵的饷奉都很好，要比明朝时侯高得多。毕竟想要别人干活，总得让人家过得好一些吧。
不过商毅当然清楚，官员贪不贪污，并不在于官俸的高低，宋朝是历代官俸最高的，但照样贪污成风，而明朝这样的低俸，也同样有两袖清风，清廉守节的官员，因此所谓高薪养廉，所起的作用其实十分有限。治理贪污其实是一个世界性的难题，必须从道德、法制、完善的监督制度和财政管珪制度等几方面一齐努力才能完成，单靠某一方面，是沒有用的。商毅集团目前来说，在这方面作得还不错，正是得益于完善的财政制度和监督体糸。
另外商毅决定现在暂时还不设立勋位、爵位，以及荫恩亲属等制度，毕竟现在还没有到真实坐享其成的时候。因此行政系统的官员构成基本就这样确定下来，以后再根据实际的需要，再增设其他部门、官员。