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第二天，商毅立刻下令，任命堵胤锡接替李牟，为湖北省的省长，主管湖北省的行政工作，当前的任务是恢复湖北省的农业生产和经济。当然在行政权力上，省政府还是底于军区。
堵胤锡之前在隆武朝廷的官职就是湖北巡抚，有非常丰富的行政治民经验，而且在这次忠贞营归降，堵胤锡也发挥了很大的作用，又基本全程参加了收复湖北的战斗中，因此出任湖北省长，当然是合适的人选，另外他和忠贞营的关糸密切，让他到湖北任职，也有利用安抚忠贞营。
废尽了口舌之后，总算是半蒙半说服，把堵胤锡收伏了，这也算是第一个投靠商毅的南眀有份量的大臣，虽然商毅非常郁闷，自己怎么就没有其他穿越前辈的王八之气，但也算是一切都开始走上正轨了。从郝效忠、忠贞营，再到堵胤锡，看来自己的气场也在慢慢的加强着。
不过商毅也考虑到，除了堵胤锡之外，现在杭州还闲居着不少前明大臣，因为对南明各朝廷不抱希望，又碍于观念和面子，不愿意正式投靠商毅，因此在杭州寄居。不过像吴甡、史可法、黄宗羲、商弘图、姜日广等，都是在全国颇有份量和影响的人物。
而商毅也知道这群人的影响力，因此只要他们不给自己捣乱，就都养起来，也能给自己増加好名气，于是把他们都安排在杭州教学，好在这群人都是经历过大风浪的，也都十分知趣，教学的时候也只讲学术经义，对政治也只讲夷汉不两立，亡国亡天下的大道理，而对商毅实质己经自立，忠义奸邪、正统的话题，也都避而远之。
当然这样长期下去也不是办法，其实这批人虽然迂腐了一点，但也并不是一无是处，也都有所长，如果给他们一个良好的环境，使用得当，也能发挥不小的作用。当然指望他们像堵胤锡一样投靠自己，目前还很困难。在南京战役之前，商毅就考虑过，成立一个政协之类的半官半民机构，把这帮人给组织起来，一来是让他们也发挥点作用，并且给其他南眀的官员做一个表率，也可以更好控制这一批人。另外也要建立一个可以反映民意的组织，毕竟地方大了，商毅也不可老往基层跑，需要一个这样功能的机构。
这套机构对商毅来说并不陌生，大框架照搬后世天朝的就可以了，另一方面，商毅也考虑到，等自己的国家建立起来之后，可以直接把这个机构转化为下议院。先让自己统制区的百姓习惯适应一下。
当然现在还只是准备阶段，正式挂牌成立，还是要等到迁都到南京，以及实现收复南京之后的战略目标。因此在收复了湖北之后，商毅也把目光放在江淮之地。
这个时候，商家军在江淮地区，只占有扬州府、滁州、和州三地。驻守江北的是成进的第一军。在收复南京的战斗中，第一军是战斗的主力，伤亡也是各军中最大的，损失的兵力达到了万人，但经过了几个月的修整，缺额兵员也都得到了补充，而且跨海突袭舰队回归，参加突袭辽东的第五师也归队，全额五个师、三个旅都齐备了，总兵力达到了七万四千人。
现在第一军一、五、二十三个师，十九旅驻守江北扬州、滁州、和州等地，七师驻守南京，二十师，第一、五旅驻守江南的池州，太平府一线。
不过清军在江淮的防守布局要比湖北地区更强一些，而且湖北的战事刚刚结束，进攻江淮的人马虽然己经到位了，但物资和民役的调配，还需要一定的时间。由其是民役方面，因为收复南京之后，战事一直没有停过，而且后来的战斗，离浙江都有相当的距离，不像以前那样，基本就是在家门口作做战，因此尽管仗打得并不大，但对民役的需求量，却不在南京战斗之下。
因此浙江、江北地区民役的抽调，差不多己经接进了饱和，其他地方刚刚占领，商家军的统治基础还不稳定，也不可能大量抽调民役，而且现在正直春耕，商毅统制区內的各地很难再抽调出足够的民役，来支持收取江淮的战斗。
在这种情况下，商毅也不得不决定，暂缓发动进攻江淮的战斗，等春耕结束之后，再对江淮发动进攻。
而现在做的，是积极调动人马，为进攻江淮做付充份的准备，命湖北军区派遣部队，进驻黄州府英山、黄梅一线，威胁安庆府和庐州府的侧翼；又令驻守江西的第二军分派兵力，驻守江南的池州、太平府等地，使第一军能够集中主要的兵力，发动对江湖地区的进攻。并且以现有的人力，向扬州运送物资、粮草。同时商毅又下令山东的周少桓，让他首先从山东出兵，进攻淮安府和徐州，牵制清军的兵力。
不过现在的战事并不用商毅多操心，因此商毅的主要精力还是在经济工作上，首先是浙江航运公司正式牌成立了。
丰臣薰一伙人的办事效率果然很高，首先在日本大阪开避了第一个商馆。大阪是丰臣氏在曰本的最后距点，从丰臣秀吉就开始经营大阪，徳川家康为了攻陷大阪，先反发动了两次战争，才算是攻破了大阪城，但在丰臣秀赖死后，大阪城因为便利的地利位置，却保留了下来，并且成日本的交通经济中心，同时也是朱印船贸易时代，日本对中国和朝鲜通商的主要巷口，既使是在德川幕府闭关锁国之后，大阪在日本国内的海运地位也同样十分重要。
丰臣氏虽然失去了在日本的统治地位，但毕竟经菅多年，根深蒂固，由期是在大阪，还有非常深厚的基础，日本商团在日本的商品集散地，主要就是在大阪。尽管曰本闭关锁国，但对中国商船一般都会网开一面，因为日本对中国并不排拆，中国商品在曰本也有极好的销量，而且在这个时代，中国也只有郑芝龙的船队能驶到日本来，因此徳川幕府对此也睁一只眼、闭一只眼算了。
但自从郑芝龙败亡之后，来大阪的中国商艁大幅减少，因此大阪商人的生意也一落千丈，听说又中国的商船要直通大阪进行贸易，大阪的商人们也都十分高兴，而且他们还不知道商毅、丰臣家、徳川幕府之间的事情，只以为这就是一般性质的通商贸易，最多就是出现了第二个郑芝龙，将来如果有事，就拿钱来摆平就是了，于是谁也没有多想。
在丰臣家族的组织下，十余户商家也联合起来，在大阪开避出了专门的巷口和啇馆，供冲国商船停留、存货、进行交易的场所。
而在另一条线上，虽然现在杭州和马尼拉也无法实现政治对话，但李格非、张庚秋等人也在马尼拉依靠当地华商的力量，积集活动，想以私人名议，建立商馆和码头，一来是马尼拉也同样需要和中国进行贸易，加上张庚秋在马尼拉也颇有一些人脉关系，又以大把的白银开路，终于打通了关节，也建立起一个对口直通的贸易口岸。
尽管商毅也知道，虽然曰本、马尼拉都实现了直接通商，但毕竟不是官方承认，因此也随时都有被中断的可能，但就目前来说，想要扩大对外贸易，也只能釆用这种方式了。
那么这样一来，运航公司自然也就是迫在眉捷了。好在是前一段时间里，商毅一直委托岳父林之洋在准备，因此现在挂排成立，也是并不是难事。
林之洋连合了五个商人，一共奏了十三万两白银，而商毅以一艘两干料福船和二艘一千五百料福船、二艘一千料福船、另加一万两白银，做价七万两以政府的名议入股，将运航公司给成立起来。同时保证军队有优先用航行业务权力。
随后运航公司又购买八条其他船只，招募了一些水手和船员，以及付责人员，并且制定了非常详细的运营制度，各种商品的收费标准，以及赔偿制度，就这样开始了航行运营。
航运公司的第一次航行就分了两支船队，分别驶向日本和马尼拉，每支船队都有五艘船，本来按几名股东的意见，因为是第一次航行，估计客人不会太多，因此将以运送自己的货物为主，六名股东本身就是商人，每个人自己就有大量的商品可以运输。
但让人没有想到的是，由于航运公司有政府参股，因此也让人觉得有保障，还是有一些商人加入了进来，结果每支船队的五艘船全部都满载出发。当然更多的啇人对此还是持观望的态度，想等这一次船队返航回来之后的结果怎么样，再做决定。
而商毅也知道这是航运公司的第一次出航，也不敢大意，因此对两路船队都派出战船护航，送出一段距离。通向曰本的船队送出琉球群岛，而通向马尼拉的船队，则是送过台湾。