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谁都知道多铎是一条大鱼，在攻破了南京之后，商家军里谁都想抓住多铎，好抢占这个大功劳，因此也在南京城里好一阵忙找，只可惜谁也没有找到多铎，而且在乱军之中，又沒有找到多铎的尸身，也不知道多铎到底是生还是死。而谁也没有想到，多铎被抓的地方，居然是在商家军的战俘营里。
原来在昨天晚上，多铎本想从北安门逃进神烈山里去，但商家军己经攻破了北安门，多铎当然知道，靠自己这二百多人想要杀出皇城去，根本就是不可能的。多铎本来打算就这么和商家军拼了，但突然间急中生智，想出了一个办法来。
首先多铎将这二百多名士兵全部遣散，让他们各自逃生，而只留下十余名亲随在自己身边。等其他士兵都走光之后，多铎也脫下自己的盔甲衣服，换上普通清兵的盔甲服装，等商家军攻进来之后，立刻举手向商家军投降，当了俘虏，然后打算找机会再出逃。
而商家军的士兵见他们都是普通士兵的样孑，也没有太在意，只把他们和一群清军都关押在一起看管，到了白天，多铎等人趁看守的商家军士兵不注意，居然溜出了战俘营，准备逃走。但这时满城都己是商家军的士兵，而他们又是剃光了额头，非常显眼，结果没走几步就被商家军的士兵发现了。于是多铎又一次成为俘虏。
不过这一次多铎等人的行动也引起了商家军士兵的注意，于是对他们进行反复盘查审问，结果越问多铎露出的破绽就越多，回答的问题也是前言不达后语。虽然多铎还是一口咬定自已只是一个普通的清兵，但己经被列为重点怀疑的对像了。因此也报告给苏建林。
一开始苏建林还没想到是多铎，以为该是个什么甲喇、梅勒之娄的清早将领，不过还是找来了投降的郝效忠，看他认不认识。结果郝效忠一看就认出来是多铎。而到了这个时候，多铎也抵赖不过，只好承认了下来。
这一下苏建林也大吃一惊，没想到多铎居然一直都躲在战俘营里，差一点让他给跑了。因此也赶忙将多铎重新捆好，向成进报告。
商毅是在太和殿上见到被绑着的多铎，见他约三十四五岁年纪，虽然这时形像十分狼狈，但也掩饰不住一股阴鸷之气，果然不愧是清廷的二号人物。多铎这时也是自付必死，因此也豁出去了，被送到太和殿来，虽然是阶下囚的身份，但见了商毅，也立而不跪。
不过商毅到也不在意，毕竟自己是胜利者了，因此笑道：“你就是清廷的豫亲王多铎吗？”
多铎其实也对商毅颇为好奇，因为这个人简直就像从天上掉下来一样，突然横空出世，硬生生把大清的统一大业给毁了，但见了商毅也不觉得这人有什么特别之处，不过见商毅问起来，多铎也把胸一挺，道：“我就是多铎，既然被你们抓住了，要杀就杀，要剐就剐，听凭尊便，我大清日后自然会为我报仇。”
商毅“哼”了一声，道：“多铎，你也有脸在我面前报仇两个字吗？你们满清自努尔哈赤以来，无故进犯关内多次，杀死了我们汉族多少无辜百姓，又害得多少人家破人亡，妻离子散。他们的仇，又该怎么算呢？”
多铎道：“他们被杀，是因为你们的官军没有用，打不过我们大清的勇士，是因为你们的皇帝没有用，守不住江山，昏庸无能的皇帝，就应该被拉下来。”
商毅也不禁笑道：“你说得到是很坦白，那么现在你己经被我抓住了，你们清军现在也打不过我的商家军，所以你们清廷也同样没有存在的必要了，也应该被打倒，对不对？”
多铎强辩道：“商毅，你也不要得意太早了，胜败乃兵家常事，我大清现在还有疆土万里，士兵百万，很快就会再度发兵南下，扫平江南之地，到是时把你们江南杀个鸡犬不留。”
商毅呵呵一笑，道：“你是死鸭子嘴硬，你们清廷现在还有什么实力南下？而且现在连你们的老剿盛京都被我攻下来了，还有什么倚仗。”
说到了盛京，多铎这才彻底无语，低下头去。商毅也不想和他再多费话了，吩咐将多铎押下去严密看管起来，等南京的局势平静了一些之后，再对他进行公开处决。
把多铎收押之后，商毅也带人出了皇城，同时下令，皇城内的清理工作完成之后，军队立刻撤离，不得在皇城中逗留。而各殿全部封锁起来，只留一个团守卫皇城，每天早晚，各入城巡逻一次，其他的时间里，没有自已的命令，任何人不许擅自进入皇城。而商毅把自己的办公地点设在皇城南边的南京留守司。因为现在还不是自己称帝的时候，冒然住在皇宫里，恐怕又引起诸多的不便。
这时南京城里的清兵基本都清剿干挣了，而在战前被清军征调的百姓和民兵，只要是查实了身份，都被放出。不过就是这样，现在整个南京城里的居民也只有十多万人，比当时清军刚刚占领南京的时候，也好不到那里去，毕竟在一年时间里，连续经历了两场大战，南京也确实是元气大伤了。
而在未来的数年内，这里都可能会是自己的行政核心，因此从现在开始，也就要着手进行南京的重建工作，恢复南京昔日的繁荣。
商毅首先下令，各军仍然按自己进攻南京的方位，撤离出南京城去，在南京的外城驻扎，并且救治伤员、补充修整，而在南京城，只留第一军的第一、七两个师驻守，维持城中的秩序。
然后对南京城中现存的百姓进行登记造籍，并指定地方集中居住，以便于管理，同时对百姓的口粮和生活需求物资，按户籍人口，统一调备供应。而多余的地方都要空出来，慢慢向南京移居人口。同时也要求百姓们尊守秩序，凡事有趁乱抢劫、偷盗窃取者，一率严惩。
这一条令当然也受到了百姓们的一致拥护，因为清军守城时，把百姓家里的粮食、银钱、布匹、盐等等物资全部都搜刮走了，就连家俱都收去了不少，可以说现在绝大多数的百姓家里都是空空如也，家徒四壁。因此商家军向百姓们提供生活的资资供应，正好可以解了百姓们的燃眉之急。
同时有军队在南京城中维持治安，一般的地痞无赖之徒也不敢胡乱生事，加上生活得到了保障，因此南京城中的秩序也速度的稳定下来。
接着商毅又下令到杭州，首先以督师府的名议通告整个南方，南京己经被商家军收复，并让叶瑶瑱立刻安排，调一部份行政人员到南京来，恢复南京完整的行政机构，同时还要运送一批物资过来，保证南京这边军民的生活供应。并着令统战部立刻向山东下令，命令两支跨海作战的部队都要开始准备撤离了。
十一月十八日，商毅收到了消息，在广东、福建、江西三省的清将金声桓、觉罗巴哈纳、尚之孝三人合兵赶到救援南京。前锋人马已经到了徽州。
原来多铎的告急文书在一个月以前就发到了福建，这时金声桓己经回兵褔建，和觉罗巴哈纳一起向郑成功发动了进攻。并且首先攻克了彰州，随后从两面夹击泉州。这时己将泉州围住，眼看就要攻下来了。
但就在这时，两人首先收到了商毅公布，商家军跨海突袭成功，己经攻占盛京的消息。两人对这个消息一开始还是半信半疑，毕竟这种大规模跨海突袭的战术对两人来说，确实是有一些匪夷所思，但又觉得商毅不会用公布这种假消息，因此也琢磨不清这是真还是假。
但几天以后，收到了多铎的紧急调兵令，虽然没提商家军攻沒攻占盛京，只说商家军集中了全部兵力，要进攻南京，但要两人放弃江西、福建等地，立刻带领所有的人马回援南京。两人也都预感到攻占盛京的消息八成是真的，否则多铎不会给自己下达这样一份调兵的命令。
觉罗巴哈纳是满州的固山额真，对满清当然是忠心耿耿，因此接到了多铎的告急之后，也立刻开始照办，马上调集人马，准备返回南京。而金声桓只是觉罗巴哈纳的副将，就算心里另有想法，也只能听命从事。
但这时他们两人合兵也不足六万人马，想回援南京还有嫌有些不足，因为觉罗巴哈纳可是十分清楚，商家军是惯于围城打援的，从福建到南京距离千里，正好给了商家军在半路伏击清军的机会。而且在公文里多铎也说明,还调了尚可喜部回援南京。尚可喜现在广东驻守，手下有六七万大军，实力可是十分雄厚的，因此两人也觉定等尚可喜出兵之后，合兵一起去回援南京。这样人马多一些，也安全一些，于是两人一面准备,一面又写信给尚可喜，催他尽快快出兵，自己在江西等着。