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在这危机时刻，郑成功果断下令，不理城外的援军，继续在泉州城内战斗，一定要击败清军，同时派人去请驻守溜石寨的商家军出战，攻击清军的援军。
但这时城内的清军也得到了援军赶到的消息，也不禁精神大振，渐渐竟有压倒郑军的势头。将郑军杀得节节后退，一直退到了西门边上，眼看就要被清军逼得退出泉州城了。
郑成功见状，立刻拔出佩刀，大喝道：“今日不破泉州，誓不出城。”然后身先士卒，亲自挥刀上阵，连斩了数名清兵。而部将陈豹、杨期潢、杜辉等人见郑成功亲自出战，也都纷纷挥动武器，跟着他一起上阵，个个浴血奋战，在这几员主将的带头之下，郑军也被激起了高昂的斗志，终于站稳了脚跟。
就在这时，沈寿岳率领商家军赶到战场，不仅击败了清军的援军，同时还派出了一个营杀进泉州城，増援郑成功。而经也了一夜的奋战之后，清军这时也是筋疲力尽，而且一眼就看出，原来是商家军参战了，顿时斗志全无，败退了下来。
郑军、商家军乘势追击，终于占领了泉州城。而赵国祈带着百余士兵，杀出了泉州，逃到福州去了。
而在另一边，清军的援军也被商家军击败。实际清军在漳州的守军并不多，而且在短时间内，那凑得出多少人马，因此王进只带来了两千余人，什么三万大军，突袭安平，不过都是王进故意虚张声势而已。只是趁着天黑，打了洪政一个措手不及，结果沈寿岳率军杀到，立刻就被杀得大败，四散奔逃。而王进在混战之中，也被商家军活捉，解入泉州城中关押。
虽然几经波拆，而且在这一战中，郑成功的损失也不小，拆兵达一千二百余人，部将杨期潢也战死在泉州城中。但郑成功到底还是攻下了泉州，取得了起兵以来的首战胜利，同时也为自已夺下了一块立足之地。
泉州城中的乡绅百姓得知郑成功击败了清军，占领了泉州城，也都十分高兴，纷纷上街庆祝，还有不少人来见郑成功，求他不要再离开泉州城了。而郑成功也从此声威大振，完全盖过了郑彩和郑鸿逵。
郑成功自然也十分高兴，正打算派人去南澳岛请商毅来到泉州，但这时收到商毅的来信，原来商毅已经趁着漳州空虚，率军攻取了漳州，让郑成功派人去接管漳州。
看完商毅的信之后，郑成功也不禁佩服不己，果然是名将，绝不会错过任何一丝机会。因此立刻命令陈豹去接管漳州。
而这时赵国祈逃入了福州，才向觉罗巴哈纳报告，商家军己经深入福建了。觉罗巴哈纳得知这一消息之后，当时就吓得脸色惨白。因为他己经派出军队，分别去増援建宁府和福宁州，这时福州的守军不足五千，如果商家军来进攻福州，自己根本就守不住。因此觉罗巴哈纳也赶忙下令,把派去増援建宁府和福宁州的人马又都赶紧给撤回到福州来驻守,同时又下令金声桓,赶紧从江西撤军,回来保护福建，然后紧闭城门，再也不敢出去了。
虽然没有按照原计划的那样攻下福州，但一连得到了泉州、漳州两地，也让郑成功觉得十分满意了，
商毅把漳州交给陈豹守卫之后，也来到了泉州，郑成功把他迎进了泉州，商毅笑道：“明俨，这次进攻泉州，伱做的很不错啊。”
郑成功道：“督师太过奖了，其实这次能够攻下泉州，完全是靠有督师的啇家军相助，否则以成功自己的力量，绝无取下泉州之力。商家军英勇善战之名，果然不虚。”
商毅道：“你也不必妄自非薄，其实这一战你制定的计划，还有临阵的指挥做得确实都很不错了。但你的人马战斗力不强，是因为军队刚刚组成起来，缺少训练，而且实战经验不足的缘故，只要曰后是加紧训练，少则半年，多则一年，必可成为一支劲旅，何况你还有海上的选势。因此从现在开始，你就应该立足于泉州、漳州两地，招募人材，扩充力量，拓海经商，积攒钱粮，与清军抗衡。伺机收复福建之地。”
顿了一顿，商毅又道：“不过有一点你要切记，凡将成大事者，当以人为本，现在你已有泉州、漳州两地，人口数十万，注意休养生息，减轻税赋，推行仁政，宽厚待民，只有如此，方才能够做到上下一心，协力抗清。切不可不体民意，一味强征暴敛，那样的话，与清廷又有什么区别呢？”
郑成功也不禁凛然道：“大人金石之言，成功必当铭记于心。”
商毅点了点头，又道：“等到时机成熟，兵精粮足之时，我们合力并兵北伐，收复失地，驱逐鞑虏，恢复天下。”
郑成功听了，也不禁热血沸腾，道：“大人提兵北伐之时，成功愿为大人马上一卒，征战疆场。”
商毅也不禁大笑起来，拍了拍郑成功的肩，道：“好了，这里的事情也差不多了，我也该回浙江去了。”
郑成功怔了一怔，道：“大人这就要走了吗？”
商毅笑道：“是啊，现在浙江的战事正紧，还有许多军务事情，需要我回去处理，因此不能在泉州多作停留。现在南京、江北的清军都被我浙江牵持住，你到不用担心，不过我料觉罗巴哈纳要复夺泉州，必会调金声桓回福建叁战，因此你也要小心从事。”
郑成功忙道：“大人放心，成功必不会让大人失望。”
商毅这才十分满意，第二天就和郑成功告诉，带着军队，乘船返回浙江去了。当然在回程的时候，没有再绕道了，直接穿过了台湾海峡，回到杭州，而沈寿岳也带着自己的军队，返回台湾。
商毅离开泉州之后，郑成功也决定听从商毅的意见，以泉州、漳州为基地，施行仁政，发展势力，准备和清军决战。因此一面招募士兵，打造军器，建造战船，加强城防设施，一面下令减免泉州、漳州两地的税赋，恢复生产，并且鼓励开展海外贸易，同时又派人去请郑鸿逵和郑彩，到泉州来共商大计。
直到这时，郑鸿逵、郑彩才知道郑成功己经得到了商毅的全力支持，攻取了泉州、漳州做为基础。因此也不禁大为后悔，早知是这样，当初就应该和郑成功一起出兵,攻取泉州，也能分一杯羹。但现在什么都晚了，现在郑成功己经威势大振，又有泉州、漳州为基地，势力初成，而且还有商毅在背后支持他，自己根本就无法和郑成功相抗衡了。两人也都是聪明人，见了郑成功之后，都表示愿意接受郑成功的指挥，共同对抗清军。
得到了郑彩、郑鸿逵两人的支持，郑成功也十分高兴，因为这两人手里都颇有实力，有了他们的支持，自己的实力也会更进一步。
而郑成功攻取了泉州、漳州之后，同时也四外出兵，收取泉州府、漳州府境內的各州县等地。各地的乡绅百姓本来都对清军不满，听说郑成功的大军到来，也都纷纷起事响应，因此郑成功的大军所到之处，几乎攻无不克，不到半个月的时间，泉州府、漳州府全境，基本都被郑成功占领了。
因此郑成功也威名大振，虽然这时他己恢复了自己的郑姓，但部属百姓都尊称他为“国姓爷”，而且一些郑芝龙的旧部也都纷纷脱离了清军，来投奔到他的部下效力，同时还招集了一批文武人员，其中文士有原浙江巡抚卢若腾、进士叶翼云、举人陈鼎等，武将有甘辉、蓝登、邱缙、林壮猷、金裕等人，属于郑芝龙的旧部有施天福、施郎、洪习山、黄廷等人，因此郑成功手下人材汇集，实力也日益强大，而郑成功也不忘商毅的教导，以商家军为榜样，天天训练士兵，演练阵法战术，准备与清军决战。
正好这时在福宁州起事的刘中藻也觉得自己的实力不足，于是也派人来和郑成功联络，请求郑成功援助自己攻取福宁州。
这一下也正中郑成功的下怀，因为福宁州在福州北面，而且和浙江接壤，如果自己能够攻下福宁州，不仅可以对福州形成夹击之势，而且和浙江也建立了陆地联系，对双方合作，共同抗击清军，也是大有帮助俪。于是郑成功立刻命郑彩率领本部人马，从海路赶到福宁州，支援刘中藻。又命郑鸿逵率军进驻惠安，保护泉州的侧翼。
因为现在清军都被觉罗巴哈纳都撒回到福州驻守，因此在福宁州的兵力并不多，郑彩到达福宁州之后，与刘中藻合兵，很快就攻占了福宁州。
同时在广州安定下来的绍武朝廷，这时也得知郑成功起兵，在福建打开了局面,因此也派人到福建来策封郑成功为南安公，福建总督。因为绍武朝廷是隆武朝廷的沿续，因此郑成功也派人到广州朝见朱聿鐭，表示自已正式承认绍武朝廷为正朔。