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洪承畴向多铎保证，商家军在攻占了广德州之后，不会继续向南京外围进军，到并不是信口开河，而是确实有根据的。
清军和商家军在南京外围激战的时候，派出出的吴三桂、耿仲明、尚可喜三路人马也都展开了各自的攻势。
吴三桂和尼堪分兵两路入川，由尼堪领兵，由湖广施州卫进攻重庆，而吴三桂回兵关中，进取汉中，不过因为四川路途遥远，因此暂时还没有回信。而另外两路，耿仲明和韩岱进攻湖南、尚可喜和觉罗巴哈纳进攻江西，都己经取得了一些进展。
现在驻守湖南的是原明湖广巡抚何腾蛟。清军击败了大顺军，攻取了湖广北部之地以后，何腾蛟取道宁州、平江到达长沙。并在长沙设置了自己的巡抚行辕。而清军在占领了湖北之后，首要的目标是进取南京，而攻下南京之后，又和商毅连番激战，因此也没顾得上管何腾蛟，并且对何腾蛟釆用招抚手段，连续二次派人来招降何腾蛟。
但清军的招降都被何腾蛟拒绝，同时也抓住这段空闲时间在长沙安官设吏，招收残余明军，招收了原明军将领黄朝宣、张先璧、刘承胤、曹志建等几部军队，聚集了人马近两三万余人，准备以湖南为基地恢复湖广全省。
郑芝龙在福建拥立了唐王朱聿键以后，何腾蛟也奉隆武朝廷为正朔，而得到这样一位地方实力派大员的归顺，朱聿键当然也十分高兴，当即任命何滕蛟为湖广总督，驻于长沙，并下令湖南各府属钱粮俱解督府，等于是给了何腾蛟在湖南的财政军大权。并任命原武昌兵巡道堵胤锡出任湖广巡抚，驻于常德，并应何腾蛟所请，任命章旷为湖南道员、傅上瑞为偏沅巡抚，湖南诸将也皆封为总兵。
朱聿键被拥立上位之后，到是颇想有一番任为，希望何腾蛟能有守住湖南为西翼，并让郑芝龙出兵守住江西为中央，而在东翼又有商毅驻守在浙江，这样一来就可以保住南方的大部份地区，和清军抗衡，并图复国。
不过和郑芝龙、商毅相比，何腾蛟手头上实力就显得十分寒酸，所依仗的不过是一些原明留下来的散兵游勇。而何滕蛟也知道指望这一批人难见大事，因此也在湖南招兵入伍，操练人马。
这时被清军击败的大顺军余部也都陆续南逃，进入湖南、江西等地区。李自成在湖北通山九宫山一带遭遇到当地民团的袭击，己经身亡。而在李自成死前，手下最力的大将刘宗敏己死于清军之手。大顺军的一号、二号人物都相继战死，大顺军也陷入群龙无首、各自为政的混乱中，诸将之中，田见秀、牛金星、宋献策等人都向清军投降。
而其他的大顺军余部大体可以分为两批，刘芳亮、刘体纯、张鼐、袁宗第、吴汝义、郝摇旗、王进才、牛万才等人逃到湖南东部的平江、浏阳一带结集，李自成的夫人高氏，三弟李孜也在其中；李过、高一功、李友、贺篮、刘汝魁、马重禧、张能、田虎、杨彦昌等人则逃到湖南西部的澧州一带驻扎。
但这两批大顺军的余部都面临着缺少粮饷，又沒有根基的困境，于是众人商议，决定还是就近投奔到何滕蛟、堵胤锡的部下。这时两批大顺军加起来，共计有近二十万人马，虽然家眷占了近一半，但其中也相当一部是当初大顺军的精锐士兵，战斗力还比较可观，如何能够好好利用这些人马，确实能够在湖南战场发挥很大的作用。而且正好这时何滕蛟、堵胤锡手下也缺少军队，因此双方也一拍即合，何滕蛟、堵胤锡都愿意接受了大顺军的投降。
于是由何滕蛟收编湖南东部平江、浏阳一带的大顺军，堵胤锡收编湖南西部澧州一带的大顺军。这一下湖南的军队扩张了数倍，而何滕蛟也顿时军威大振起来。
但接纳了大顺军的余部之后，在如何利大顺军余部的问题上，何滕蛟和堵胤锡却出现两种不同的态度。
尽管收纳了大顺军的余部，但何滕蛟对大顺军并不信任，依然视其为流寇,多方提防。同时还把从大顺军将领口中得知到李自成遇伏身亡的消息，假冒成自己的战功，上奏隆武朝廷，称是自己联络乡勇，伏击大顺军，诛杀李自成，并使大顺军的余部自悔投降等等。
在俱体操作上，何滕蛟也没大顺军以充分的休整和补给机会，使大顺军真正为自己所用，相反还利用大顺军各将之间的矛盾，实行分化和排挤。大力提拔原来大顺军中地位较的郝摇旗、王进才等人，委任为总督标下总兵、副总兵，但对原大顺军的高级将领刘芳亮、刘体纯、张鼐等人，则极力打压，既不安置驻地，也不供应粮饷，使这几部大顺军只能被迫就地打粮维持，但又被何滕蛟加以掠夺的罪名，同时还派人诱降这几部大顺军的士兵低级将领，收为自己的抚标亲兵。
而堵胤锡却和何滕蛟的方式则完不同，一来是他已经认识到，现在明军的余部将领和士卒都已腐败已极，根本不堪大用，只有大顺军还可以一战，因此只有全面联合大顺军，使之纳入己范共同抗清，才有保住湖南的希望。另一方面现在湖南的军队几乎都掌握在何滕蛟手里，自己部下几乎一兵一卒都没有，也只能充份利用大顺军的力量。
于是堵胤锡只带了几十名随从人员，亲自赶到澧州的大顺军营中，向李过、高一功、李友等人陈明大义，晓以利害，说得声泪俱下，也让众人颇为心服，并且又与他们酾酒为誓，使大顺军的众将领十分感动，都愿以听命归附。随后堵胤锡又派遣自己的亲随傅作霖带着自己的上疏，前往福建，在朱聿键面前为大顺军的降将请爵受封。
何滕蛟和堵胤锡对待大顺军截然不同的态度，也在两批大顺军内部产生不小的反响，不久以后，受何滕蛟招抚的几部大顺军除了郝摇旗、王进才二部以外，其他人包括李自成的夫人高氏，三弟李孜都率部进入崇德府，同李过、高一功等人率领的大顺军汇合，在堵胤锡部下听用。
但这一来却引起了何滕蛟的忌恨，因此也上疏福建，不仅攻击堵胤锡，而且极力诋毁大顺军反复无常，不可重用，更不可委以重职。
而傅作霖带着堵胤锡的上疏到达福建之后，却在隆武朝廷中立即引起了一场激烈的争论。内阁大学士蒋德璟、路振飞、林增志等人对此都大为不满，不仅重翻了大顺军攻破北京，逼死崇祯的旧帐，同时还把南京城破的责任也都推到大顺军身上，正是由于大顺军放弃武昌，才使清军能够沿江而下，直取南京，因此赦其无罪也就是很宽大了，怎么还能请爵受封呢？
但翰林兼给事中张家玉、顾之俊、御史钱邦芑等人却都支持堵胤锡的意见，认为现在自已最大的敌人是满淸，而不是大顺军，因此对大顺军的余部应该加以安抚，使之为自己所用，反正封个候爵、伯爵也不过只是一个虚名，相反还能坐收十几万人马，又何乐而不为呢？
朱聿键到还能够保持清醒的头脑，在衡量了利弊之后，还是决定釆纳堵胤锡的意见，正式下旨招抚大顺军，并派马吉翔为使者前往湖广颁诏：封高夫人为贞义一品夫人，赐珠冠一顶，表里四匹。封李过为御营前部左军，挂龙虎将军印，兴囯侯，并御赐名为赤心，高一功名为高必正，而其他诸将为都封伯有差，所部称“忠贞营”。
何滕蛟得知以后，虽然心里很不舒服，但皇帝的圣意己经决定了，他也不便再加任向的反对意见。只好暗气暗憋，暂时忍下这一口气来。
不过这时湖南的明军己经非同小可，堵胤锡招抚了大顺军余部之后，实际得兵七八万余众，而何滕蛟这时也招募到三万多抚标新兵，直接归属自己指挥，并分派吴承宗、姚友兴、龙见明、覃裕春、满大壮、胡跃龙、向登位等将统领，再加郝摇旗、王进才二部大顺军，和先期招集黄朝宣、张先璧、刘承胤、曹志建等几部，手下的军队也达到近十万余众。
洪承畴在南京上任之后，任命汉军正蓝旗梅勒章京佟岱出任湖广总督，驻守武昌。但这时清军的主力都在南京驻守，而且在湖广驻守的军队也多数派到黄州防备商家军，在武昌、荆州一带驻守的兵力并不多，一共才一万多人。驻守荆州的郑四维手下只有五千人。
因此何滕蛟也不觉胆气壮了不少，到是颇有和清军大战一场的意思。而堵胤锡也想趁势进军，收复湖北之地。于是堵胤锡也制定了一个出兵计划，两人分兵出击，由何腾蛟、章旷统兵由岳州北上，牵制清军在武昌的兵力；而自己同忠贞营从澧州出兵，先攻下荆州，然后引兵东进同何滕蛟部明军会师武昌，然后攻取武昌，进而收复整个湖北地区。