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从造船厂回到杭州以后，商毅收到了湖北的战况消息，李定国、李岩等人采用诱敌深入之计，击败了清军两万余人，当阵击毙了清军的主将真珠玛喇，取得了一场大胜，而且也粉碎清军对商家军湖北根据地的第二次进剿。
看完了战报之后，商毅也十分高兴，自己在湖北布下的这一颗棋子也终于开始发挥作用了。经过了这次进剿失利之后，淸军恐怕也要头疼一阵子了。现在清军在江北的兵力不足十五万，已经抽调不出足够的再次进剿兵力。而清军在江南虽然有近二十三万的庞大兵力，但却分属于阿济格、吴三桂、尚可喜三部。
而现在阿济格能够直接指挥的兵力不足十万，唯一的办法就是调吴三桂或尚可喜部去进剿湖北的商家军，但经过了上一次进攻浙江的分兵之后，三部之间己经产生了矛盾，吴三桂和尚可喜己经结成了攻守同盟，并且与江北的耿精忠也遥相呼应，都坚决的执行保存实力的战略，是否愿意出兵，还不好说。
就算是吴三桂或尚可喜真的出兵，他们也未必会努力作战，但南京的兵力必然会被削弱下来，这样商家军就可以立刻出兵，向南京发动进攻，就算不能马上攻下南京，但也可以先扫清南京的外围地区，为下一步收复南京作准备，同时也可以牵制清军对湖北的进攻。
因此商毅也立刻下令，命南京的情报人员、侦察兵都严密监视清军的动静，一但有兵力调动的情况，立刻回报到杭州来，自己也好及时应对。
而这时付责北方情报事务的吴汉生来见商毅，向商毅报告了北京发生的三条消息：首先是摄政王多尔衮发现了祥瑞。原来多尔衮好打猎，居说在三月初，有一次多尔衮在郊外打围，发现了一只白鹿，多尔衮连发三箭不中，白鹿口吐人言道：春仍万物滋生之季，妄开杀猎非仁主所为。而多尔衮当即弃弓下马，拜谢白鹿，表示将下令全国，禁止在春季围猎活动，然后那白鹿立刻化为一道白光升天而去。这一件事己经在北京传得沸沸扬扬，人尽皆知。
另二条消息就相对隐密一些，一是吴三桂、尚可喜、耿仲明三人分别都向北京清廷上书请令，主动要求统领本部人马去收取四川、云南、两广等地，为大清扫平南方尽力；二是淸廷打算重新启用洪承畴，命他总督河南、湖广、山东、安徽、江苏、江西军政事务。
经过了两年的发展以后，商毅集团在北京的情报网络己经全面铺开，情报人员已多达六十余人，而且以前留在北京的第一批情报人员都己经全部撤回了杭朻，现在在北京的情报人员都是由杭州派遣过去，受过一定的专业训练，分散隐藏到北京的各行业中，分成了四条独立的情报系统，互相之间都不知道其他人的存在，全部都单线与杭州方面联络。而且通过一番运作之后，还有三个人成功的打入到北京的官场中，虽然现在都是担任的低级官职，但却可以在第一时间内了解到清廷内部的重大消息动态。
因为这个时代的情报工作和反情报工作都没有后世那么严谨，一般朝廷的重大事都不会有太多的隐瞒，而且又没有无线电台、卫星等传插工具，消息传递的速度佷慢，因此商毅对情报部门的工作要求是，把清廷发生的重大事情及时反应给杭州，让杭州这边早做准备，就是情报部门最大的成功了。
毕竟情报工作是长远之计，不能超之过急，在目前的情况下，商毅并不打算要求情报人员打入淸廷官场的高层，刺探重大的军事机密，或者是策反淸廷内部的人员。至于说搞暗杀、破坏活动更是不到迫不得已的时候，决对不做，因为情报部门不是恐怖组织，一但这种行事作风开始，很难收得住。二来无论暗杀破坏活动成不成，都会暴露一批情报组织，对于现在刚刚铺开的情报系统来说，是得不偿失的。
看到了情报部门提供的这三条消息之后,商毅也颇感兴趣，第一条就非常有意思，商毅当然知道所谓祥瑞，都是见鬼，什么白鹿、白狐，撑死了也就是个白化动物，而在这个时候被提出来，还和多尔衮扯上关系，不用说这是多尔衮有意谋位，在为自己制造舆论，不过一但多尔衮真的簒位，不管成不成功，都会引发清廷的朝政动荡，对于浙江来说当然是有利付。
而第二条更让商毅高兴，这也说明自己写给吴三桂的那一封信己经起作用了，吴三桂、尚可喜、耿仲明这三个汉族降将与清廷之间的矛盾终于提前了三十余年。当然这种局西并不是就靠商毅那一封信造成的，主要的原因还是在于商家军的横空出世，使南方并非一蹶不振，而在这种南北对持之中，一些有一定实力又不甘寂莫的人就会产生一些多余的想法，商毅写给吴三桂的那一封信只不过是一根导火索而已。
不过在这样的情况下，清廷恐怕很难拒绝三个汉族降将的请求，因为一担把他们逼急了，清廷也怕他们会倒戈一击。如果清廷真的把吴三桂、尚可喜、耿仲明三部人马调去平定南方边远地区，对商毅来说，当然是大大的好事，至少在短时间内，三名降将不会和商家军正面冲突，因为他们也需要商家军的存在，来牵制清廷。
只有最后一条让商毅感觉到有些压力，要说清廷对南方危胁最大的人，既不是任何一名满州权贵，也不是三名降将中的一个，恰恰就是这个洪承畴。因为洪承畴本身就极具军政两方面的才干，而且又是明朝高官出身，熟知官场的各种规则，了解汉人的思想观念，懂得怎样消除汉族人的反抗心理，更为重要的是洪承畴是文官出任武职，这就决定了洪承畴的权力再大，也无法建立起一支属于自己的私军，因此清廷也可以对他完全放心。在另一时空里，帮助清廷彻底扫平南方的，正是洪承畴。
当然这并不就表示商毅害怕洪承畴。在江淮战役中，商毅也和洪承畴交过手，无论洪承畴的能力有多强，毕竟还是没有脱离这个时代，而且他洪承畴的满清这一方，致少在这个时候，没有人认为满清取代明朝是历史发展的趋势。只要南方有一支能够真正扛起抗清大旗的力量，清廷想要统一中国，就不会那么容易。
不过情报并不仅仅只限于北方，南方同样也有大量的信息反应到商毅这里来，鲁王朱以海从处州逃离之后，躲到了福建建宁府。
而福建本是郑芝龙的地盘，郑芝龙扶助唐王朱聿键称帝之后，得知鲁王一行逃到了建宁府，立刻派出使者来面见鲁王，要求鲁王削去监国的称号，并向朱聿键称臣。而朱以海这边自然不会同意，相反还杀死了朱聿键派来的使者。
郑芝龙得知自己派出的使者被杀以后，也勃然大怒，派兵进攻建宁府。但朱以海一行也知道他们不会善罢甘休，逃出了福建，进入了江西省。
在赶走鲁王之后，朱聿键下改元隆武，封郑芝龙为平国公加太师，掌握军政大权；郑鸿逵进定国公，郑芝豹为澄济伯，郑彩为永胜伯，并赐郑芝龙子郑森“朱”姓，改名成功，郑氏一族都官居极品。同时将拥戴自己的福建巡抚张肯堂、巡按御史吴春枝等二十余人封为大学士。并集廷臣议抗清战守，提倡躬行节俭，以裕兵食。而且朱聿键自身也亲自带头，不御酒肉，不备金玉，只用磁瓦、铜锡之类。宫中除了皇后之外，没有妃嫔。执事者只有三十余人等，俨然是一付颇有所作为的样子。
同时湖广总督何腾蛟、湖北巡抚堵胤锡，两广总督丁魁楚等地方大员也都向朱由榔表示奉立之意。这一来朱聿鍵在名议上己经拥有福建、广东全境，湖广、江西大部，广西部份时地盘，号称拥有人马三十万余人，一直声势也颇为浩大。
鲁王朱以海逃出了福建之后，来到江西抚州安据，招集人马，潞王败亡之后的余部方国安、王之仁等人也都纷纷纷来投，因此也聚集一万五千多人马，又趁着清军和浙江对持之际，攻占了南昌、临江、建昌等地，暂时在这里驻扎了下来。但声势要比朱建聿小得多。
而另一位明朝的宗室桂王朱由榔，由广西巡抚瞿式耜等人迎请到肇庆称帝，并改元永历，瞿式耜为东阁大学士兼吏部左侍郎管尚书事，势力占领了广西全境，云南、贵州的部份。
不过南明三帝能够在南方站稳脚根，还是由于有商毅在浙江牵制着清军。但令商毅感到满意的是，南明三帝的情况都能及时的反应过来，说明南方的情报工作也展开的很不错了。