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不过满清的山东巡抚方大猷到是比王鳌永机灵得多，在准备守济南的同时，也做好了逃跑的准备，他不仅派出心腹家人，在济南城的四门关注守城的情况，随时向自己报告战事的进展，同时也早己命人备下了十几匹快马，还有短身紧衣，干粮水壶，以便随时都可以跑路。
因此商家军攻开城门的消息也在第一时间传到了知府衙门，方大猷二话不说，立刻换上了紧衬衣服，带着十几名心腹家人出府上马，弃城而逃，速度之快，令搏尔特也望尘莫及。等童大勇带领着人马杀到府衙的时候，这里早己是人去屋空了。
方大猷逃出了济南之后，一刻也不敢停留，一路上打马狂奔，一口气跑出了一百余里，一直跑到了德州，才算收住了脚，赶忙又写了一份告急文书送到北京，同时又命人去打探商家军的动静，准备着如果商家军继续追击过来，就再向仓州跑路。
其实童大勇这次只带来了三千多人马，攻下济南就是十分免强了，根本无力再追击方大猷，而且商家军的目地也不是要占领济南府，只是打一场振奋人心的胜仗，这个战略目地显然是己经达到了，因此童大勇也不打算追击，只是在济南城中晓谕城中的百姓，清军还会再打过来，自己的防区并不在济南，也不可能在济南久留，如果不想被清军所掠，最好是迁到登莱地区去定居。
因为商家军在济南的名声很好，因此有不少百姓都愿意到商家军的管辖区里去安居，于是都纷纷迁移。当然也有少数人不愿离开家园，商家军也不做强求。
而在另一方面，啇家军抚平青莱地方的工作也进行的十分顺利，付责平定莱州叛乱的第二师第二团，团长叫滕胤玉，他本来是青州的一个百户，在二年前清军入关奔袭时加入的商家军，因为表现出色，现在己经晋升为团长，并也挂了游击将军衔。
这一次莱州的叛乱主要发生在南部的胶州湾沿岸一带，其中又己灵山卫的情况最为严重，聚众闹事的张大雅、张千出等人本是灵山卫的军户，颇有勇力，平时也聚集了一帮兄弟，趁着现在天下大乱，扯旗举事，不仅攻占了灵山卫，而且联合胶州地区的韩继本，单之赏等人，进攻胶州。
滕胤玉得知了这些情况之后，立刻作出决定，派出一个营的兵力，去驻守胶州，自己则带着剩下的三个营，直扑灵山卫。
这时张大雅、张千出等人正在攻打胶州，忽然得知灵山卫告急，张大雅和张千出那里还顾得上攻打胶州，急忙回兵救援灵山卫。而二张的人马一撒，只剩下韩继本和单之赏也是孤掌难鸣，又知道商家军派兵来增援胶州，因此只好也撤军回乡里，胶州之围遂解。
而还没等张大雅、张千出回兵赶到灵山卫，滕胤玉就己经趁着这时灵山卫空虚，一举攻下了灵山卫城。并且又在从胶州到灵山卫的必由之路埋伏，伏击张大雅、张千出的人马，并且在伏击战中击毙二张。
这一战既解了胶州之围，又收象了灵山卫，同时斩杀了张大雅和张千出，顿时也震慑住了莱州府的其他闹事人等，商家军在这一带本来就有威名，现在众人也知道这威名决不是夸大其辞，因此也都纷纷向滕胤玉请降，不几天的功夫，胶州的韩继本，单之赏、即墨的黄宗贤、周六、丘尚佐、王尔玺，平度的翟五和尚、张广等人都率众投降商家军，有人表示愿意接受商家军的改编，也有人打算回乡务。
而在青州，还不等商家军出兵，就有不少叛乱人员都主动投降，到了六月底的时候，青州府、莱州府二地的叛乱，也就基本被平息了下来。
周少桓一面对投降的叛军也按照商家军的标准，进行考核训练；一面安抚地方百姓，安置近移的居民；同时还要积极准备，迎战清军的进攻，也是忙得昏头转向，这才知道一方大员可不是那么好当的。因此在给商毅的汇报公文中，也请商毅尽快派遣一些文职官员来，帮自己处理政务。
商毅在杭州接到了周少桓的告捷之后，也十分高兴，一面派人对周少桓等人嘉奖，并表示自己会尽快派来文职官员帮他；一面也将捷报传到南京。
这个时候的杭州，可以说是喜事不断，连续举行了几场婚礼，不过商毅和林凤舞虽然订了婚，但到是还沒有急于完婚，成亲是商家军的另外三员大将，第一师长成进、海军指挥使成钢、骑兵旅旅长杨武丞三人。其中成进和成钢兄弟娶的是一对姐妹，就是当初田国丈田弘遇送给商毅的一对双胞待女，田珍和田珠，而杨武丞娶的是原山东布政司孟宏恭的女儿。
这三对夫妻都是早己订下亲事，至少都有一年以上的时间，因为各种原因，一直拖到了现在，商毅也终于趁着目前的一点空闲时间，为他们举行婚礼。而且正好现在盂宏恭也赋闲在杭州，也能参加女儿的婚事，也算是了却了几件大事。
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杭州这边是喜事不断，而这时的南京只能用一个字来形容：乱。
自从商毅离开南京，史可法去江北督战开始，南京就一直没有消停过，首先是东林党人大造“秦桧在内，李纲在外”的舆论，影射是马士英将史可法排挤出了南京，但大局己定，于实事无补。
而马士英把持了朝中大权，自然首先想到安插自己的人，于是说服朱由崧任命阮大铖为兵部右侍郎。
阮大铖其实是东林出身，而且本身也颇有文釆，但后来依附于魏忠贤，并且在崇祯初年，因为在政治投机中站错了队，结果被划为魏忠贤一党，虽然在当年淸剿阉党的时候，逃出了一命，但却己被列入《逆案》之中，即为永不录用之意。不过阮大铖于马士英有恩，同时马士英也希望通过引阮大英入朝，为自己加个帮手。
但阉党和东林党本来就是势同水火，不能共存的，虽然过去了十几年，但东林党依然对当年的事情耿耿于怀，因此这一下自然是一石激起千层浪，刘宗周、黄宗羲等人为代表的东林党立刻群起而攻之，不断上书，不仅指斥阮大铖是奸邪之辈，同时还指桑骂槐，责斥马士英不顾先帝尸骨未寒，就欲翻逆案，是浊乱朝政的大恶之事等等。
而阮大铖的事情还沒有结果，在左良玉军中当监军的巡按御史黄澍，受左良玉所托，入朝拜见朱甴崧谢恩。黄澍也是东林党人，同时又仗着自己有左良玉在背后撑腰，于是拜见完朱由崧之后，就在朝堂上当殿指责马士英为奸臣，力数马士英的罪行。不仅边骂边哭，而且还上前大搧马士英耳光。使在场群臣，无不动容。就连朱由崧也被惊得目瞪口呆。
马士英当然也不甘示弱，挨打之后，就在当场向朱由崧叩头，请求辞职。虽然在当殿得到了朱由崧的允许，但回家后，马士英又立刻上书，吓唬朱由崧说：“为臣一旦离京而去，四镇皆失势，朝中大臣们肯定拥立潞王为帝”。
同时和马士英一起拥立朱由崧的秉笔太监卢九徳，也在宫中痛哭流涕的劝说朱由崧：“皇上您如无马公，不可能正大位。如果逐出马公，天下人皆会认定皇上是忘恩负义。而且，马公在内阁，万事担当，皇上可以整日悠闲自在。如无马公，朝臣有谁肯顾惜皇上？”
朱由崧在别的事情上虽然糊途，但牵扯到皇位，智商也立刻能提升几个档次，一想也确实是这么回事，因此立刻又重新召马士英回朝，并委以内阁首辅之职。同时又下旨封马士英推荐的阮大铖为兵部左侍郎兼右佥都御史。
与此同时高弘图、吕大器、姜曰广、刘宗周等人，也都不安于位，纷纷离职而去。从此之后朝政大多都被马士英和阮大铖把持。
公正一点的说，虽然在拥立福王这件事情上，马士英确实是耍了东林党一把，但在拥立这个问题上，东林党本身做的事情也不地道，甚致可以说是把拥立大功拱手让给了马士英。
而且马士英并非是一无事处的人，在许多方面的能力还强不少东林党人，在南明成立的早期，也未必没有一些振作的想法，如果东林党能够接现实，承认马士英的执政权力，双方精诚合作，到也不是不可能把南明的局面维持下去，只可惜东林党并不甘心接受失败的局面，一心只想斗倒马士英，根本就不顾大局。而且过去了十几年，东林党的斗争手段仍然一点长进都沒有，一如当年与魏忠贤相斗时那样拙劣，还是只会上书，也不想想，在东林党和马士英之间，皇帝会支持那一方。
虽然有吴甡在其中尽力周旋，希望能够保持朝廷的和平局面，可惜他一个人的力量实在有限，而东林党内部其实也是一片散沙，吴甡根本就控制不住，结果终于成了现在的局面。