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文官都封完了，就该封武将了。因为现在北方并不安定，清军己经攻入了北京，而大顺军虽然被清军所败，但仍然还有数十万人马，这两股势力对南明都存在着相当大的危胁，因此这不仅仅是给众武将加官进爵,同时也要布置南京的守卫防线。
经过史可法等内阁大臣商议决定，在长江以北的淮、扬、徐、泗、凤、寿、滁、和等地设立四镇，由刘泽清辖淮州、海州，驻守淮北，并经理山东一带。高杰辖徐州、泗州，驻守泅水，经理开封、归德一带。刘良佐辖凤阳、寿州，驻守临淮，经理陈州、杞州一带。黄得功辖滁州、和州，驻守庐州，庐、巢、经理光州、固州一带。同时封黄得功镇南候，高杰兴平候、刘泽清东平候、刘良佐广昌候。每镇额兵为三万人，本色米二十万，折色银四十万，并悉听各镇自行征取。而且如有收复中原之地，则该地受其管辖。
同时史可法又上疏自请，督师江北。也被朱由崧当殿批准。
在后世的一些说法，都认为这是史可法的又一个大失误，轻易的就赋予了四镇兵权以及行政权力，终于酿成了武将拥兵自重，不尊朝廷的局面，而自己又轻率的离开南京的政治中心，将朝廷的大权拱手让给了马士英。
但从当时的情况来看，这也是不得以的事情，首先由于在朱由崧登基之前，史可法写给马士英的那封数朱甴崧“七罪”的信被马士英交到朱由崧手里，做为打击史可法的实证，因此史可法也清楚，自己留在朝中，也难以取得朱由崧的信任，而四镇都各掌重兵，又立有拥立之功，肯定是要给予实质性的奖励，就算史可法不提，马士英也会提出，那还不如由史可法主动提出来，对四镇加以笼络，然后自己在督师江北，如果能够收伏四镇，也是达到削减马士英羽翼的目地。而且朝廷的大部份位置都被东林党人占据，就算史可法离开南京，东林党也能控制得住局面。
江北四镇设立之后，南明还有其他三股武将的势力，为湖广的左良玉、广东的郑芝龙和浙江的商毅。弘光朝廷加封左良玉为宁南候，驻守九江、辖湖广之地，加封郑芝龙为安南伯，驻守广东，其弟郑鸿逵为靖鲁伯，驻守镇江，部将郑彩为总兵分管水师。但怎么加封商毅，却让马士英觉得很难办了。
现在商毅的势力范围是浙江，这也基本得到了弘光朝的认可，因为商毅带回了崇祯的遗诏和玉玺，无论马士英怎么不愿意，也要对他加封，但商毅已经是挂将军印的总兵，又是临邑候，如果再向上封，只能晋公爵或是出任南京五军督都府的职务，再不就是加三公一类的虚衔。
但这三个方案都难让人接受，出任南京五军督都府的职务，就意味着商毅要进驻南京，马士英是万万不能答应的，而另外两项，除了在明朝开国期间，还从来没有过那个武将能够获得这样的殊荣，就连戚继光也在晚年以后，才获得一个加封少保的虚衔，连封候都沒熬到，因此就是一些倾向于接纳商毅的东林党人，接受不了商毅这么年轻就晋升公爵，或加三公一类的虚衔。
最后还是吴甡提出了一个方案，就是让商毅出任浙江巡抚。这个方案也得到了內阁其他官员的一致同意，因为巡抚不比公爵、三孤三公一类的虚衔，毕竟只是普通的地方大员，虽然在一般的情况下，巡抚只能由文官来充任，但现在毕竟是非常时期，由武将出任也未偿不可，而且现在浙江己经就是商毅的势力范围了，让他担任浙江巡抚也只不过是正试承认他在浙江的地位罢了。
当然这也是商毅私下里向吴甡提出的要求。商毅并不在乎什么虚名，别说是封个国公，就是封王又能怎么样呢？沒有一点实质性的作用。自身的实力才能决定一切，当初商毅带兵南下，只不过是个参将，像当时刘佐良、黄得功这样的总兵，还不是老老实实听他的。
因此在官位上，商毅其实更看重浙江巡抚一职，因为巡抚才是可以主管一方的军政财大权的官员，虽然浙江是商毅的势力范围，但实际受他控制的，只有五六个府，对其他地方的控制力量还不够，这也是商毅要驱逐王维如等人的一个重要原因。当然用武力去强行控制这里地方到也不是不可以，但会落得一个专横拨扈的名声，有损于自己的声誊。因此商毅如果能够获得浙江巡抚的职位，就能够名正言顺的控制浙江全省，并推行自己制定的各种制度，减少许多不必要的麻烦。
最后朝廷才下旨加封商毅为督都同知，出任浙江巡抚。同时商家军的诸将也都得到了一次提升，周少桓和成进都晋见为副将、其他团长都晋升参将、团级军官都升为游击将军。
而崇祯的另一份，为商毅和朱媺娖指婚的遗诏，到是没有引起多少争议，一来是皇帝的女儿，爱嫁谁嫁谁，虽然商毅己经娶妻纳妾，但关自己什么事；二来各方势力都顾着在新朝中争权夺利，谁还在乎这个。因此这门婚事也得到一致的通过。只不过崇祯架崩，按制度朱媺娖是要守孝三年，实际为二十七个月，等孝期满了以后，才能够和商毅举行婚礼。
不过就在五月十八日，朱媺娖上疏，表示崇祯的遗诏和玉玺都己经送到了南京，新君也己经登基继位，自己的任务也己经完成，因此不愿住在南京，请求能够带着朱媺婕，在外地安置定居。
这个要求到也合情合理，因为朱媺娖和朱媺婕到底不是朱由崧的亲生女，朱由崧本身也是有儿有女的人，因此她们留在皇宫中也多有不便。
而马士英也觉得，朱媺娖和商毅己是未婚的夫妻，留在南京说不定还成为商毅的耳目，还是把她们姐妹两送出南京也更好一些，而吴甡也受商毅的委托，也极力赞同，并且建议，把朱媺娖和朱媺婕送到苏州安置，甴新任的苏州织造太监朝赞周伺奉，理由是苏州本来就是个宜于居住的好地方，而且离南京近，朝廷也好就近照看。
其实这个时候，苏州发生的生丝收购事情也早就传到了南京，只不过现在南京的大臣们谁都没有空来管苏州的事情。不过谁都知道，苏州也算是商毅的势力范围，因此把朱媺娖、朱媺婕姐妹送到苏州安置，其实就是送到商毅的手里。不过朱媺娖和商毅早晚也是夫妻，这样安排到也沒有什么不妥的。
商毅接到自己晋升的圣旨之后，也下令将抓获的王维如一行人放了，当然是美其名曰交给马士英来发落。马强在当了十几天俘虏之后，这一次也幸运的又逃脱了出来。
新皇帝也有了,众大臣该封的也封，该赏的赏了，但这也并不就等于从此之后，南明朝廷就太平无事了，事实上更多的麻烦才刚刚开始，首先是北方还不安定，大顺军、清军都是南明的敌人，现在清军己占领北京，而大顺军败走陕西，南明坐收江淮，但在三者之间，河南、山东等地带，还存在着一个巨大的缓冲地区，三方势力在这里犬牙交错，怎样处理这一地区，可是一个重要的问题，而比这个问题更重要的，还有为崇祯办理丧事，以及崇祯的庙号、追谥等等事宜。
而对第一次权力分配并不感到满意的各集团，也围绕着这些问题，在朝廷中，又开始酝酿着新一轮的争吵斗争。
同时也有相当一部份官员对南京朝廷、对新任的皇帝，对东林党都感到了相当的失望，因此也纷纷弃职而去，山东总督曾化龙，也就是其中之一。而另一位山东大员布政使孟宏恭则暂时没有封给官职，在杭州闲居，等南京朝廷选出新的山东巡抚之后，仍然回山东上任。
在曾化龙离开南京吋，商毅也去送他，两人相对半响，却都没有说一句话。最后曾化龙才说了一句：“好自为之。”然后扬长而去。
商毅看着他远去的背影，也不禁苦笑不已，事实上南明南京朝廷的条件,比历史上南渡的东晋、南宋在立国初期的条件都要好得多，不仅有一套完整的行政机构，还有相当数量的军队，因此在北京被攻破不到两个月的时间里，就组成了一个结构完善的政权糸统。
然而南明南京朝廷却没有像东晋、南宋一样坚持下来，就在于立国之初时，底子就没有打好，表面上部门齐备，一应俱全，但在实际上矛盾重重，为争权夺势，置国事于不顾。以致于江河日下，国土沦丧。在另一时空里，南明南京朝廷只坚持了一年，而商毅自问，在这个时空里，又能坚持多久呢？