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黄巢率军追赶官兵，向长安方向进军，很快攻入重镇华州（陕西华县）。潼关天险都丢了，此时的华州主将也无心抵抗，望风而逃。黄巢留下部将乔钤把守华州。
起义军的势头很猛，继续前往攻打长安，首先挡道的是驻守蒲州的河中节度使李都（冶所在山西永济县，也称蒲州府），但他基本未做抵抗，率部投降了黄巢的军队。河中都虞侯王重荣虽然不很愿意，但也随大流一起归顺农民军。
这个王重荣也不简单，是河中的人。他的父亲王纵担任过河中骑将，因参与大破回鹘军有功，升任盐州刺史。王重荣也因为其父的原因成为军校，他与兄长王重盈二人都很勇猛，被提拔为河中牙将。但王重荣善于玩弄权术和阴谋诡计，也很严格，军士们惧怕他，就连军中主将李都也对他有所忌惮，他也很快升任河中都虞侯。
黄巢本想让李都继续担任河中节度使，但李都因忌惮王重荣，不愿意接受任命。黄巢就任命王重荣为河中留后，王重荣实际掌管河中事务，黄巢这个不明智的决策竟然为此后留下巨大的祸患。
朝廷对农民军的进军速度感到很吃惊，大臣们还希望以和为主。（880年）十二月初四，唐僖宗颁下诏书，授予黄巢天平节度使的官职，还在妄想收买黄巢。
这唐僖宗也不睁开龙眼看看，此一时彼一时也，黄巢的目标已经是金銮殿了，此时才不稀罕节度使这个官职。
农民军离京城不远了，宦官田令孜慌了，他害怕被追究责任，奏请把主战派的宰相卢携贬为太子宾客，实际上是把卢携作为替罪羊了。
唐僖宗又在他的建议下，任命王徽为户部侍郎，原户部侍郎裴澈改任为工部侍郎，二人都为同平章事（宰相级）。裴澈是前宰相裴休的侄子。
而当天晚上，被贬官的卢携回到家后，喝毒药自杀而死，也算是畏罪自杀了。
黄巢的前锋军队已入长安地界，百姓和官员都纷纷躲藏。田令孜建议唐僖宗赶快逃走，他率领五百名神策军士护卫着唐僖宗，自金光门出城，当时只有福王、穆王、泽王、寿王及几个妃嫔跟随銮驾，其余百官竟无人知道皇帝去哪里。
（唐长安城有十二座城门，南面正中为明德门，东西分别为启夏门和安化门，东面正中为春明门，南北分别为延兴门和通化门，西面正中为金光门，南北分别为延平门和开远门。其中，开远门、延兴门、金光门合称三大主城门）
唐僖宗出了长安，马车昼夜不停地奔走，随从人员大多跟不上。十二月初五，唐僖宗逃到咸阳，不敢停留，再向汉中逃跑。当唐僖宗的车驾远去后，长安城中已经得知，军士及百姓争先恐后地闯入皇宫，自取金银财物。
黄巢的前锋将领柴存率军进入长安城，兵不血刃占领长安，随后，唐金吾大将军张直方决定投靠黄巢，他率文武官员数十人，主动前往霸上迎接黄巢进城。
黄巢此时的派头十足，再也不是昔日南跑北奔的土相。他坐着用黄金装饰的轿子，身边的人全都披着头发，穿着红丝锦绣做的衣裳。骑兵列队行进，辎重车辆满大街都是，农民军延绵千里，络绎不绝。
黄巢派大将朱温领兵驻扎在东渭桥，保护长安的安全。封尚让为平唐大将军，农民起义军浩浩荡荡，绵延千里从洛阳到达长安。
长安城的百姓不知道起义军是什么样的，都来围观，尚让趁机宣传农民军是为百姓的军队，希望百姓不要恐慌。
黄巢进城后，没有直接进皇宫，而是住在宦官田令孜的府中，田令孜权倾一时，府第自然不差。
农民军中的很多人都做过占山为王的大王，开始在城里还受军纪的约束，但几天后，就开始大肆抢劫，遇到看不顺眼的人就杀，当时的长安城内死尸到处都是。
黄巢也想制止胡乱抢劫和滥杀无辜的行为，但管不住。农民军尤其憎恨唐朝的官吏，因此，没逃走的官吏很多都被杀死。黄巢还下令把留在长安的唐朝宗室全部杀光，目的是为了断绝李家的皇室血脉。
农民起义军的弱点在这个时候也都暴露出来，他们急于称帝封官享受。880年十二月十二日，黄巢进入皇宫居住，十三日在长安含元殿称皇帝，国号“大齐”，大赦天下。由于没有乐器，尚让用几百个战鼓替代乐器，奏响登基大典的国乐。
此时的黄巢可以用一首诗来表达复杂的心情：
昔日龌龊不足夸，今朝放荡思无涯
春风得意马蹄疾，一日看尽长安花。
长安自古就是风水宝地，皇帝辈出。黄巢今日高管得做、骏马得骑，真可谓：
意气风发不可言，人生谁能如这般！
山东黄巢无人敌，今不登基待何年？
战争的艰辛暂且翻篇了，如今的头等大事是登基坐朝，面南背北，接受群臣朝贺。
黄巢封其妻为皇后，封尚让为太尉兼中书令，赵璋兼侍中，崔璆、杨希古都为同平章事，孟楷为左仆射兼左军事，盖洪为右仆射兼右军事，费传古为枢密使。
黄巢还任命唐朝的太常博士、诗人皮日休为翰林学士，进士沈云翔、原蕲州刺史裴渥都为翰林学士。
朱温、张言、彭攒、季逵等人被封为诸卫大将军。黄巢的外甥林言为功臣军使。
其余各将官各有封赏，军士们摆酒庆贺，长安城张灯结彩，欢呼与朝贺之声直冲云天。优哉优哉的日子似乎不远啦!
黄巢任命的高级官员有唐朝的原官员，包括崔璆、皮日休等。崔璆担任过浙东观察使，与黄巢作战时战败被俘。他的父亲是礼部侍郎崔郾，此人曾担任过浙西观察使。崔璆因为做了黄巢政权的宰相级高官，后来当唐僖宗返回长安后，下诏指责崔璆出身显赫，却在黄巢手下做宰相，而崔璆既不逃走也不隐藏，最终被唐僖宗赐死在家中，当然这是后话。
而皮日休也比较特殊，他是唐末的文学家、诗人，中过进士，担任过太常博士，后又出京担任毗陵副使，在常州一带任职。黄巢率军打到江浙地区后，皮日休因不满朝政而归顺农民军。黄巢称帝后重用他为翰林学士，让他撰写一首赞扬自己是上天授意的诗词，皮日休写了一首诗谜，但黄巢认为这个诗谜是讽刺自己，就下令杀了皮日休。
黄巢要求停止唐朝三品以上官员的职务，但四品以下可以官员保留官位。称帝几天后，他又下令，凡是唐朝的官吏到赵璋府中报名登记的，都继续担任原来的官职，这其实是收买人心，减少矛盾。但实际上，一些真正的唐朝高官都不愿意到赵璋府中报名，而是隐藏起来。
当时，唐朝的夏州节度使诸葛爽奉命到达长安附近的栎阳保护朝廷，但他到达时长安已陷落。朱温正驻守在东渭桥，黄巢让他招降诸葛爽，诸葛爽其实是个小人，他见风使舵，立即答应朱温，归降农民军。
黄巢任命诸葛爽为河阳节度使，当诸葛爽到河阳上任时，此时的河阳节度使罗元杲不愿意归顺农民军，他调集军队抗拒。但罗元杲是依附巴结宦官才得来的官职，部下军士都不听从他的指挥，抛弃兵器迎接诸葛爽，罗元杲只好逃往汉中，投奔唐僖宗。罗元杲把自己的金帛都埋藏在地下，后来被盗贼抢走。
（渭河贯穿于八百里秦川，唐代横跨渭水至少有三座桥：西渭桥（便桥）、东渭桥、中渭桥，合称“渭河三桥”。汉唐时的长安位于渭河的南部，东渭桥遗址位于陕西高陵，东渭桥是连接渭河南北的桥梁，是通往长安城的咽喉，在战略上具有重要地位。）
为了拉拢唐朝的武将，黄巢对他们都赦免，西北地区的唐朝节度使在名义上纷纷投降，起义军的声望达到鼎盛。
至此，经过六年来的南征北伐，黄巢义军终于把唐王朝赶出长安城，建立起农民政权。