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故事讲述的是从东京都西部被分割出来的这座都市中,“超能力开发”被列为学校课程的一部分(学生作为人体科学实验对象)。在二百三十万人口中,有八成都是学生,所以被称为学园都市。他们每天都在超能力开发上进行相互竞争。根据能力高低不同,可以分为7级,从无能力(level0)到超能力(level5)(level6为绝对能力者)。故事的主角上条当麻是学园里的一个无能力者,但并非完全没有能力,他的能力是能够将一切异能之力无效化。他只有右手能够使用这种能力,还给自己的这种连上帝的奇迹都能抹杀的能力取名为幻想杀手(Imagine-breaker)。而正因为他的右手似乎把神的祝福都给抹杀掉的缘故,导致自己一直过著不幸的生活。某一个暑假的日子,在家里的阳台上,他遇见了一位修女;这位少女自称自己的名字叫“茵蒂克丝”(Index),并是从魔法的世界逃了出来,现在正在被魔法师追赶中。就这样,上条当麻一脚踏进了奇妙而美丽又黑暗的世界,开始了上条当麻与御坂美琴的战斗……掌握了十万三千本究极魔法书(魔导书)的少女与拥有抹杀一切奇迹的神上之手的少年,将面临一系列故事……
这是一座占据东京西方大部分区域的巨大都市。由于230万居民之中有八成是学生,因此这里被称为“学园都市”,而且居住在这里的学生们,必须接受开发超能力的特殊教育。学园都市的某名高中生上条当麻,被判定为及格边缘的无能力者(LV0),因为他的右手拥有“消除所有异能之力”的神秘力量。而且右手的这种力量,甚至将他身上的“神的庇护”一并消除,使得他总是过着不幸的人生。在暑假的某一天,一名纯白的修女从天而降来到上条的房间,这名少女表示,她是从“魔术”的世界逃离出来的人。
为了参加暑修,总之上条先把神秘修女藏在自己的房间。然而在他回家之後,却发现茵蒂克丝躺在血泊中。这是追捕她的魔术师下的手。红发,眼睛下方有条码,身穿漆黑的修道服。自称史提尔.马格努斯的这名高瘦青年,忽然朝著上条咏唱符文魔术……!遭遇火焰魔人“猎杀魔女之王”的袭击,上条陷入九死一生的危机,然而应该昏迷不醒的茵蒂克丝,却张开眼睛开始说出神秘的话语。
茵蒂克丝发动“自动书记”,使上条勉强逃离险境。再度陷入昏迷的茵蒂克丝,需要以魔术来治疗伤势,然而经过开发而得到超能力的人要是使用魔术,似乎就会全身出血而死,因此上条前往月咏小萌的公寓,想请这位没有超能力的导师帮忙。上条右手拥有的能力,甚至连治疗茵蒂克丝的回复魔术都会消除,所以上条只能在小萌的公寓外面待命,他也因为自己帮不上忙而感到愤怒。就这样,茵蒂克丝藉由小萌成功发动回复魔术,并且开始述说自己正在面对的问题——包括正在追捕她的魔术结社,以及自己所拥有的魔道书。
追捕茵蒂克丝的魔术师,并不是只有史提尔而已。手持长刀的女性魔法师神裂火织,以高超的剑技压制住上条。神裂希望在杀掉上条之前就能将茵蒂克丝带回“保护”,虽然伤痕累累的上条依然拼命反抗,然而面对神裂使用的魔术“七闪”,也只能束手无策倒地不起。在意识逐渐朦胧的时候,上条询问神裂没有对他下杀手的理由,并且提出种种的疑问。就在上条缓缓闭上眼睛的时候,神裂说出了惊人的真相。茵蒂克丝所背负的奇特命运,以及完全记忆能力带来的悲剧为何?
由于脑中存放着十万三千本魔道书的内容,因此茵蒂克丝能使用的脑容量只有平常人的十五%。因为拥有完全记忆能力,要是没有每年消除记忆就会死亡。得知这个事实的上条,收到了神裂的连络。时限是凌晨零时,茵蒂克丝过了这个期限就会死,因此神裂要上条在时限之前与茵蒂克丝道别。
茵蒂克丝必须每年消除记忆的原因,并不是因为完全记忆能力压迫她的脑部,也不是因为她记住十万三千本魔道书的内容。依循著一丝格格不入的感觉,上条终于发现真相,并且以右手的“幻想杀手”,破坏了教会施加在茵蒂克丝脑部的某种“机关”。