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明朝的政治制度基本上已经趋于完善，所以，商道行要完成杨明所交代的任务也并不太难，只需依照明朝现有政治制度设立一个协调各类政务的内阁机关和分管各类政务的六部以及起着监察等作用的相关机构等即可。
但思虑到现在就建立内阁六部，似乎太过早了些，而且也太过招摇，毕竟建立内阁六部实质上就相当于另立中央了，和称王建元也没什么差别，而且还会引起朝廷还有李自成的注意。
所以，杨明没有听从商道行直接就设立内阁大学士与六部尚书的意见，而是先设立内阁学士之职，下分六科，即吏、礼、户、兵、刑、工六科，且每科分一个都给事中与两个给事中，以总领该科事务。除此之外，还增设一都察院，以监察百官。
然而，一旦确立了中央机构，分守道和分巡道的职权就与六科发生了重叠，因而杨明索性就将这两个职位撤掉。
由此一来，夔州就基本上就确立了一套完整的政治制度，杨明自然是最高的决策者，其中，内阁协助其处理各种政务，参谋部协助其处理各种军务，秘书处则负责整理与分析各类军政事务。
而六科则分别管理各类政务，都察院则负责监察百官，宪兵营则负责纠察军队违纪违法之事，顺便还负责警卫与缉拿。锦衣使者则建立在司法之外，是杨明控制军队、官员等的最后屏障。
“内阁学士自然是你商大人莫属，六科之中，吏科也可由你来兼任都给事中，这下你可满意了吧，这内阁学士就可就相当于首辅，吏科都给事中也相当于吏部尚书，我把这两个要职都给了你，你可得给我好好办事”，杨明正说着，商道行就激动不已地躬身行礼道：“请公子放心，下官一定不会让您失望。”
“那就好，这礼科可交给讲武堂的司业吕浪，户科就让张有财去打理，对于刑科和都察院就让兰良善兼着，毕竟他还掌握着警卫团，比较熟悉治安与刑侦类事务；兵科嘛，我记得原奉节县县令罗丰杰当初在四川巡抚陈士奇调遣官军围剿本公子的汉家军时，就属他奉节县筹集的粮草最多，看来也是一干吏，就让他当兵科都给事中。”
见杨明要用罗丰杰，商道行立即就变了脸色，但又不敢否决杨明的意愿，只得强忍住不快，说道：“公子让兰大人掌管刑科与都察院是明智之举，但这样一来，绥定知府就空缺了，还有，下官觉得兵科不应该轻易交于他人，毕竟这关系到汉家军。”
“不妨，这兵科不过是负责粮草调运与伤亡兵员及其家属的抚恤工作等，不会对汉家军起到多大的牵制作用，绥定知府就让原东乡县的税课大使公孙炎担任”，杨明说道。
商道行见杨明执意要用罗丰杰也只好认了，便又问道：“那工科呢？”
“葛奇祚现在不是正忙着给城外的流民搭建房舍吗，干脆就把工科交给他，现在许多水利、房屋、桥梁都需要修缮，够他忙的”。
一听杨明还要重用葛奇祚，商道行的心理自然是不高兴的，不过一想到至少自己职位比葛奇祚高也就没多说什么。
而杨明现在就是有意要重用葛奇祚和罗丰杰，无论商道行满意不满意，一是这两人确实有些能力，二嘛，当然就是为了遏制一下商道行。毕竟杨明不确定当这些人抱成团时，自己能不能斗得过，不过让他们彼此狗咬狗，倒不失为一种好办法，而且让他们彼此竞争也对汉家军的扩张具有助益。
“这样一来，完整的行政结构也就搭建完毕，中央有内阁六科和都察院，地方上则有知府与知县，基本上做到了权有所属，事有所管，而且又与汉家军的军事系统相互分开，我们也就可以放心大胆进行一次针对特权阶级的改革了，不过，这场改革就需要你商大人来主持了，你有信心吗？”
杨明虽然要对享有特权的官僚士绅下手，但他不会亲自出面，他得找个人替他执行，这个人自然就是商道行。
“下官自当竭力，请公子放心”，商道行同归附汉家军的其他官员一样，基本上已经明白了杨明的理念，也知道该怎么去做，虽然他们也知道这样做会触及他们日后的利益，但他们也知道既然选择了这条路就必须有所牺牲。
“好，你只需记住一点，我们既然已经背离了朝廷就不能再背离百姓，所以，我们的根本出发点就是为了天下百姓，我们要站在占大多数的普通百姓这边，团结小地主和下层士绅以及下等官僚，打击豪强与上层官绅，务必做到耕者有其田！”
“记住了，下官也知道这样做会得罪许多士绅，但正如公子所说，只有这样做才能让老百姓们的日子好过，才能让天下民心站到我们这一边，下官即便是赴汤蹈火也在所不辞！”商道行信誓旦旦地说道。
“下去吧，除了我刚才指定的几个官员任命外，其他的官职就由你去补齐吧，到时候把名单交给我审核一下就可以了”，杨明说着就又拍了拍商道行的肩膀：“好好干！”
“嗯”，商道行郑重地点了点头。
在杨明的嘱托下，商道行刚成为内阁学士没几天，就下达了他担任内阁学士后的第一条政令，即着令两府十三县的主政官员立即对辖区内的田地与户口进行清查，限十日内完成，并又命户科准备对田产达一千亩以上的人家进行土地赎买。
但让商道行没想到的是，命令一下达后，虽然各级官吏们很是积极，但只有一些中小地主愿意接受官方的赎买，许多豪门大户并不买账，甚至有些大户还组织武装进行反抗。
“公子，土地赎买的进展很不好，我们准备的三百万银元完全没有花费出去，其中开县的严监生家居然还打死了开县县令苏则民”，商道行有些沮丧地对杨明说道。
“哼，我本不想太过狠辣，所以才愿意拿银钱来赎买，可这些人居然丝毫不给我面子，那我只有采取暴力革命了，你立即下一道指令，让各府县的官吏按照第二套方案，立即发动这些地主家的佃户对这些地主进行反攻倒算，展开诉苦运动，从这些地主家得到的土地给直接划分给各个佃户，不必向上级请示！”
杨明见这些士绅连自己的这种温柔的土地革命方式都不愿意接受，不禁有些恼怒，但为了不在这上面过多浪费时间，他也只得采取另一种暴力方式了，并命道：“我会调集汉家军配合你们的行动！”